MBG2003 Computation for Biological Sciences IBahçeşehir ÜniversitesiAkademik Programlar DİJİTAL OYUN TASARIMIÖğrenciler için Genel BilgiDiploma EkiErasmus BeyanıUlusal YeterliliklerBologna Komisyonu
DİJİTAL OYUN TASARIMI
Lisans TYYÇ: 6. Düzey QF-EHEA: 1. Düzey EQF-LLL: 6. Düzey

Ders Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Yarıyıl Teorik Pratik Kredi AKTS
MBG2003 Biyoloji Bilimleri İçin Hesaplama I Bahar 2 2 3 7
Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir.

Temel Bilgiler

Öğretim Dili: İngilizce
Dersin Türü: Non-Departmental Elective
Dersin Seviyesi: LİSANS
Dersin Veriliş Şekli: Yüz yüze
Dersin Koordinatörü: Dr. Öğr. Üyesi CEMALETTİN BEKPEN
Dersi Veren(ler): Dr. Öğr. Üyesi SERKAN AYVAZ
Prof. Dr. SÜREYYA AKYÜZ
Dersin Amacı: Bu ders, teori ile pratiği birleştiren hesaplamalı biyolojinin temellerini öğrenmek için yöntem ve araçları kapsar. Hem hesaplamalı biyolojideki temel konuları hem de güncel araştırma sınırlarını ele alıyoruz. Temel teknikleri, alandaki son gelişmeleri inceliyoruz ve doğrudan mevcut büyük ölçekli biyolojik veri kümeleriyle çalışıyoruz.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
Dersin sonunda öğrenciler şunları yapabileceklerdir:

Genomlar: Biyolojik dizi analizi, karşılaştırmalı genomik, RNA yapısı, dizi hizalama, Yeni Nesil Diziler, Tüm Genom Haritalama, Transkriptomik

Ağlar: Gen ifadesi, kümeleme/sınıflandırma, motifler, Bayesian ağları, mikroRNA'lar, düzenleyici genomik, epigenomik

Evrim: Gen / tür ağaçları, filogenomik, birleşme, kişisel genomik, popülasyon genomiği, insan soyu, son seçilim, hastalık haritalama

Dersin İçeriği

Genel olarak biyolojik verilerin özeldeyse genom dizilerinin değerlendirilmesi ve ilgili bilişim araçlarının etkin şekilde kullanılması.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Konu Ön Hazırlık
1) Introduction Okuma
2) Genomik veri madenciliği (Biyolojik Veritabanları) Okuma
3) Sekanslama (Yöntemler ve Sekanslama teknolojileri) Okuma
4) Tüm Genom Haritalama ve Kişisel Genomik Okuma
5) Varyant Tespiti ve Yöntemlerinin Aşağı Akış Analizi Tek Nükleotid Varyasyonları (TNP'ler) Yapısal Varyasyonlar (YV'ler) Kopya Sayısı Varyasyonu (KSV'ler) (Bölüm I) Okuma
6) Genomik Varyasyon Genomik Varyasyonu Nasıl ve Neden Tespit Ediyoruz (Genom Çapında Analiz (GÇA))
7) Varyant Tespiti ve Yöntemlerinin Aşağı Akış Analizi Tek Nükleotid Varyasyonları (TNP'ler) Yapısal Varyasyonlar (YV'ler) Kopya Sayısı Varyasyonu (KSV'ler) (Bölüm II) Okuma
8) RNA_Seq Analizi ve Transkriptomik (Bölüm I) Okuma
9) Ara sınav için tekrar Okuma
10) RNA_Seq Analizi ve Transkriptomik (Bölüm II) Okuma
11) Genom Birleştirme ve Annotasyon Okuma
12) Karşılaştırmalı Hesaplamalı Biyoloji Yöntemleri Okuma
13) Karşılaştırmalı Genomik Okuma
14) Final tekrarı Okuma ve Tartışma

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar: Ders notları verilecektir.
Course notes will be supplied.
Diğer Kaynaklar: Computational Biology Series Editors: Dress, A., Linial, M., Troyanskaya, O., Vingron, M. ISSN: 1568-2684, 2009

Değerlendirme Sistemi

Yarıyıl İçi Çalışmaları Aktivite Sayısı Katkı Payı
Projeler 1 % 40
Ara Sınavlar 1 % 20
Final 1 % 40
Toplam % 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI % 20
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI % 80
Toplam % 100

AKTS / İş Yükü Tablosu

Aktiviteler Aktivite Sayısı Süre (Saat) İş Yükü
Ders Saati 14 4 56
Sınıf Dışı Ders Çalışması 14 7 98
Proje 5 4 20
Ara Sınavlar 1 2 2
Final 1 2 2
Toplam İş Yükü 178

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

Etkisi Yok 1 En Düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 En Yüksek
           
Dersin Program Kazanımlarına Etkisi Katkı Payı
1) İletişim alanında oyunun kavramsal olarak önemini anlayıp, oyuncuyu merkeze alan tasarım odaklı uygulama yapabilme yeteneği kazandırmak.
2) Çeşitli perspektiflerden bilgi ve fikirleri analiz ederek, sentezlemek ve değerlendirebilmek.
3) Oyun türlerini, etkileşim ve anlatım biçimlerini oluşturan temel öğeleri analiz edebilme ve başarılı bir oyun oluşturmak için nasıl kullanıldığını anlamak.
4) Oyun tasarımı teorilerini ve metodolojilerini anlamak ve oyun geliştirirken kullanmak; hedef kitleye göre eğlenceli, çekici, içine alan ve öğretici oyunlar yapmak.
5) Oyun geliştirmede kullanılan teknolojileri ve bilişim temellerini anlamak; oyun motorlarının kullanımına hakim olmak.
6) Oyunlarda 2B ve 3B karakterler ile animasyonlarının yaratılması sürecine hakim olmak.
7) Oyuncu deneyimini anlama, ölçme teorileri ile metodolojilerini kavramak ve oyun üretimi sürecinde bu bilgilerden faydalanmak.
8) Oyunların tasarım yoluyla nasıl bir fikri, bir mesajı ve bir duyguyu ilettiğini kavramak oyun üretimi sürecinde bu bilgilerden faydalanmak.
9) Oyun tasarımı ve geliştirme sürecini, gerekli dokümantasyonu yaparak yönetebilmek; bu dokümantasyon ile oyun üretim bandını takip edebilmek.
10) Oyun geliştirme takımlarının yapısını ve çalışma biçimlerini; takım üyelerinin sorumluluklarını ve işbirliği yöntemlerini kavramak ve pratikte uygulayabilmek.
11) Geliştirme dışında bir oyunun yayın sürecini endüstri standartlarında kavrayabilmek ve pratiğe dökebilmek.
12) Bir video oyununu oyunculara, yatırımcılara ve yayıncılara tanıtabilmek; ortaya çıkan oyun fikrinin veya oyunun özelliklerini ve potansiyel ticari kazanımlarını etkin bir şekilde iletebilmek adına pazarlama konusuna hakim olmak.