BAHÇEŞEHİR ÜNİVERSİTESİ BİLGİ PAKETİ / DERS KATALOĞU
| AMERİKAN KÜLTÜRÜ VE EDEBİYATI | |||||
| Lisans | TYYÇ: 6. Düzey | QF-EHEA: 1. Düzey | EQF-LLL: 6. Düzey | ||
Ders Tanıtım Bilgileri
| Ders Kodu | Ders Adı | Yarıyıl | Teorik | Pratik | Kredi | AKTS |
| MBG2003 | Biyoloji Bilimleri İçin Hesaplama I | Güz | 2 | 2 | 3 | 7 |
| Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir. |
Temel Bilgiler
| Öğretim Dili: | İngilizce |
| Dersin Türü: | Non-Departmental Elective |
| Dersin Seviyesi: | LİSANS |
| Dersin Veriliş Şekli: | Yüz yüze |
| Dersin Koordinatörü: | Dr. Öğr. Üyesi CEMALETTİN BEKPEN |
| Dersi Veren(ler): |
Dr. Öğr. Üyesi SERKAN AYVAZ Prof. Dr. SÜREYYA AKYÜZ |
| Dersin Amacı: | Bu ders, teori ile pratiği birleştiren hesaplamalı biyolojinin temellerini öğrenmek için yöntem ve araçları kapsar. Hem hesaplamalı biyolojideki temel konuları hem de güncel araştırma sınırlarını ele alıyoruz. Temel teknikleri, alandaki son gelişmeleri inceliyoruz ve doğrudan mevcut büyük ölçekli biyolojik veri kümeleriyle çalışıyoruz. |
Öğrenme Kazanımları
|
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler; Dersin sonunda öğrenciler şunları yapabileceklerdir: Genomlar: Biyolojik dizi analizi, karşılaştırmalı genomik, RNA yapısı, dizi hizalama, Yeni Nesil Diziler, Tüm Genom Haritalama, Transkriptomik Ağlar: Gen ifadesi, kümeleme/sınıflandırma, motifler, Bayesian ağları, mikroRNA'lar, düzenleyici genomik, epigenomik Evrim: Gen / tür ağaçları, filogenomik, birleşme, kişisel genomik, popülasyon genomiği, insan soyu, son seçilim, hastalık haritalama |
Dersin İçeriği
| Genel olarak biyolojik verilerin özeldeyse genom dizilerinin değerlendirilmesi ve ilgili bilişim araçlarının etkin şekilde kullanılması. |
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
| 1) | Introduction | Okuma |
| 2) | Genomik veri madenciliği (Biyolojik Veritabanları) | Okuma |
| 3) | Sekanslama (Yöntemler ve Sekanslama teknolojileri) | Okuma |
| 4) | Tüm Genom Haritalama ve Kişisel Genomik | Okuma |
| 5) | Varyant Tespiti ve Yöntemlerinin Aşağı Akış Analizi Tek Nükleotid Varyasyonları (TNP'ler) Yapısal Varyasyonlar (YV'ler) Kopya Sayısı Varyasyonu (KSV'ler) (Bölüm I) | Okuma |
| 6) | Genomik Varyasyon Genomik Varyasyonu Nasıl ve Neden Tespit Ediyoruz (Genom Çapında Analiz (GÇA)) | |
| 7) | Varyant Tespiti ve Yöntemlerinin Aşağı Akış Analizi Tek Nükleotid Varyasyonları (TNP'ler) Yapısal Varyasyonlar (YV'ler) Kopya Sayısı Varyasyonu (KSV'ler) (Bölüm II) | Okuma |
| 8) | RNA_Seq Analizi ve Transkriptomik (Bölüm I) | Okuma |
| 9) | Ara sınav için tekrar | Okuma |
| 10) | RNA_Seq Analizi ve Transkriptomik (Bölüm II) | Okuma |
| 11) | Genom Birleştirme ve Annotasyon | Okuma |
| 12) | Karşılaştırmalı Hesaplamalı Biyoloji Yöntemleri | Okuma |
| 13) | Karşılaştırmalı Genomik | Okuma |
| 14) | Final tekrarı | Okuma ve Tartışma |
Kaynaklar
| Ders Notları / Kitaplar: | Ders notları verilecektir. Course notes will be supplied. |
| Diğer Kaynaklar: | Computational Biology Series Editors: Dress, A., Linial, M., Troyanskaya, O., Vingron, M. ISSN: 1568-2684, 2009 |
Değerlendirme Sistemi
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
| Projeler | 1 | % 40 |
| Ara Sınavlar | 1 | % 20 |
| Final | 1 | % 40 |
| Toplam | % 100 | |
| YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 20 | |
| YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 80 | |
| Toplam | % 100 | |
AKTS / İş Yükü Tablosu
| Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Süre (Saat) | İş Yükü |
| Ders Saati | 14 | 4 | 56 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 7 | 98 |
| Proje | 5 | 4 | 20 |
| Ara Sınavlar | 1 | 2 | 2 |
| Final | 1 | 2 | 2 |
| Toplam İş Yükü | 178 | ||
Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi
| Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Düşük | 3 Orta | 4 Yüksek | 5 En Yüksek |
| Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
| 1) | Mezun olduktan sonra, öğrenciler araştırma yapmak, araştırma tekniklerini ve araç-gereçlerini kullanmak, sorun çözmek ve etkin bir şekilde iletişebilmek ve iş yerine bu becerilerini aktarmak özelliklerini edinmiş; | |
| 2) | ...belirli anahtar meselelerde akıcı bir İngilizce ile tartışma becerisini geliştirmiş; | |
| 3) | ...ileri düzeyde bir üslup bilgisi ile yazılı belgeler oluşturma becerisini geliştirmiş; | 4 |
| 4) | ...Amerikan ve İngiliz edebiyatı kanonundaki temel yapıtlar hakkında geniş bilgi edinmiş; | 4 |
| 5) | ...Amerikan ve İngiliz edebiyatlarının zor ve seçme metinlerinin ileri düzeyde analizlerini, sentezlerini yapıp eleştirme becerisini geliştirmiş; | 4 |
| 6) | ...çağdaş Amerikan kültürü hakkında derinlikli bir anlayış geliştirmiş; | 3 |
| 7) | ...farklı edebi metinler ve belgeler arasındaki ilişkileri ve önemli bağlantıları kurma ve disiplinler arası bir tavır geliştirme becerisini edinmiş; | 3 |
| 8) | ...bireysel olarak ya da takım halinde projeler geliştirmeyi öğrenmiş; | 3 |
| 9) | ...bilgi ve birikimlerini hayata uygulamayı ve disiplinler arası konularda çözüm üretmek ve araştırmaları sonuca ulaştırma konularında da beceriler edinmiş olacaklardır. | 4 |