MBG4059 Computational Methods in BioinformaticsBahçeşehir ÜniversitesiAkademik Programlar İÇ MİMARLIK VE ÇEVRE TASARIMIÖğrenciler için Genel BilgiDiploma EkiErasmus BeyanıUlusal YeterliliklerBologna Komisyonu
İÇ MİMARLIK VE ÇEVRE TASARIMI
Lisans TYYÇ: 6. Düzey QF-EHEA: 1. Düzey EQF-LLL: 6. Düzey

Ders Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Yarıyıl Teorik Pratik Kredi AKTS
MBG4059 Biyoinformatikte İşlemsel Yöntemler Güz 3 0 3 6
Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir.

Temel Bilgiler

Öğretim Dili: İngilizce
Dersin Türü: Non-Departmental Elective
Dersin Seviyesi: LİSANS
Dersin Veriliş Şekli: Yüz yüze
Dersin Koordinatörü: Dr. Öğr. Üyesi ELIZABETH HEMOND
Dersin Amacı: Bu dersin amacı, biyoinformatikde kullanılan temel hesaplama yöntemleri ve biyoinformatikde önemli uygulamaları olup aynı zamanda biyoinformatik dışında da pek çok uygulaması olan küme algoritmalar hakkında bir anlayış kazandırmaktır.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1. Nükleik asit ve protein dizilerinin modellenmesinde faydalı olan temel hesaplama modellerini tanır.
2. Çeşitli moleküler biyoloji verisinin analizi için yararlı algoritmaları tasarlar ve uygular.
3. Genetik Algoritma ve bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır.
4. Açgözlü Algoritmalar ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır.
5. Gibbs örneklemesi ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır.
6. Beklenti Maksimizasyonu ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanır.
7. Saklı Markov modelleri ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanır.
8. Bayesian ağlar ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanımlar.
9. Grafikler ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanımlar.

Dersin İçeriği

Bu ders, biyoinformatik uygulamalarda yaygın olarak kullanılan hesaplamalı yöntemler ve algoritmalar konusunda geniş bir alt yapı sağlayacaktır. Çeşitli mevcut yöntemler eleştirel olarak tarif edilecek ve her birinin güçlü ve kısıtlı yönleri ele alınacaktır.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Konu Ön Hazırlık
1) Hesaplama karmaşıklığı ve algoritma tasarım tekniklerine kısa bir giriş
2) Kesin dizi arama algoritmaları
3) Rabin-Karp algoritması, örüntü eşleştirme, soneki ağaçları
4) Dinamik programlama elemanları, Manhattan turist problemi, k-band algoritması
5) Yaklaşık dizge eşlemesi, böl ve fethet algoritmaları
6) Branch ve bound araması
7) Genetik Algoritma
8) Açgözlü Algoritmalar
9) Gibbs örneklemesi
10) Beklenti Maksimizasyonu
11) Saklı Markov modelleri
12) Bayesian ağlar
13) Grafikler
14) Tekrar

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar: Haftalık ders notları iletilecektir.
Weekly course notes will be provided.
Diğer Kaynaklar: An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology), Neil Jones and Pavel Pevzner, MIT Press, 2004.

Değerlendirme Sistemi

Yarıyıl İçi Çalışmaları Aktivite Sayısı Katkı Payı
Ödev 2 % 10
Projeler 1 % 15
Ara Sınavlar 1 % 25
Final 1 % 50
Toplam % 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI % 35
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI % 65
Toplam % 100

AKTS / İş Yükü Tablosu

Aktiviteler Aktivite Sayısı Süre (Saat) İş Yükü
Ders Saati 14 3 42
Sınıf Dışı Ders Çalışması 14 6 84
Sunum / Seminer 5 4 20
Ara Sınavlar 1 2 2
Final 1 2 2
Toplam İş Yükü 150

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

Etkisi Yok 1 En Düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 En Yüksek
           
Dersin Program Kazanımlarına Etkisi Katkı Payı
1) İç mimarlık alanında ulusal ve uluslararası bağlamlarda farklı mekan kurguları, farklı kullanıcı grupları ve ihtiyaçlarına cevap verebilen tasarım, planlama ve uygulama etkinliklerinde bulunabilecek,
2) Gerçek fiziksel, sosyal ve ekonomik kısıtlar ve kullanıcı ihtiyaçları çerçevesinde toplanan veriyi analiz edebilecek, farklı bilgi ve düşüncelerle sentezleyebilecek ve bunları yaratıcı mekânsal çözümler üretmek üzere kullanabilecek,
3) Soyut ve somut kavramları kullanarak, yaratıcı, yenilikçi, estetik ve özgün mekânsal çözümler üretebilecek,
4) İç mimarlık alanının gerektirdiği çizim ve sunum teknolojilerinden en az bir tanesi yetkin olarak kullanabilecek,
5) İç mimarlık alanında yürüttüğü tasarım, uygulama ve araştırma calışmalarını raporlama, sunma ve bunları uzman yada uzman olmayan kişilere görsel, yazılı yada sözlü iletişim yöntemlerini kullanarak etkin ve doğru biçimde aktarma yetkinliğini kazanabilecek,
6) İç mimarlık alanında insan-çevre ilişkisini, kullanıcının sağlık ve güvenliğini ve evrensel tasarım ilkelerini benimseyip ön planda tutacak,
7) Toplumun sosyal ve kültürel haklarına, kültürel mirasa ve doğaya saygılı bir tasarım anlayışına ve bu konularda bilinçli karar verebilme yetisine sahip olabilecek,
8) İç mimarlık, tasarım ve sanat alanlarında ulusal ve uluslar arası değerlerin farkında, gelişmeleri takip eden ve bu alanlardaki etik ve estetik konularda bilgi sahibi olacak,
9) İç mimarlık alanındaki yasal düzenlemelere, standartlara ve ilkelere hâkim; ve mesleki etik, görev ve sorumluluklarının farkında olabilecek,