MBG4059 Computational Methods in BioinformaticsBahçeşehir ÜniversitesiAkademik Programlar REKLAMCILIKÖğrenciler için Genel BilgiDiploma EkiErasmus BeyanıBologna KomisyonuUlusal Yeterlilikler
REKLAMCILIK
Lisans TYYÇ: 6. Düzey QF-EHEA: 1. Düzey EQF-LLL: 6. Düzey

Ders Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Yarıyıl Teorik Pratik Kredi AKTS
MBG4059 Biyoinformatikte İşlemsel Yöntemler Bahar 3 0 3 6
Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir.

Temel Bilgiler

Öğretim Dili: English
Dersin Türü: Non-Departmental Elective
Dersin Seviyesi: LİSANS
Dersin Veriliş Şekli: Yüz yüze
Dersin Koordinatörü: Dr. Öğr. Üyesi CEMALETTİN BEKPEN
Dersin Amacı: Bu dersin amacı, biyoinformatikde kullanılan temel hesaplama yöntemleri ve biyoinformatikde önemli uygulamaları olup aynı zamanda biyoinformatik dışında da pek çok uygulaması olan küme algoritmalar hakkında bir anlayış kazandırmaktır.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1. Nükleik asit ve protein dizilerinin modellenmesinde faydalı olan temel hesaplama modellerini tanır.
2. Çeşitli moleküler biyoloji verisinin analizi için yararlı algoritmaları tasarlar ve uygular.
3. Genetik Algoritma ve bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır.
4. Açgözlü Algoritmalar ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır.
5. Gibbs örneklemesi ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır.
6. Beklenti Maksimizasyonu ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanır.
7. Saklı Markov modelleri ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanır.
8. Bayesian ağlar ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanımlar.
9. Grafikler ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanımlar.

Dersin İçeriği

Bu ders, biyoinformatik uygulamalarda yaygın olarak kullanılan hesaplamalı yöntemler ve algoritmalar konusunda geniş bir alt yapı sağlayacaktır. Çeşitli mevcut yöntemler eleştirel olarak tarif edilecek ve her birinin güçlü ve kısıtlı yönleri ele alınacaktır.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Konu Ön Hazırlık
1) Hesaplama karmaşıklığı ve algoritma tasarım tekniklerine kısa bir giriş
2) Kesin dizi arama algoritmaları
3) Rabin-Karp algoritması, örüntü eşleştirme, soneki ağaçları
4) Dinamik programlama elemanları, Manhattan turist problemi, k-band algoritması
5) Yaklaşık dizge eşlemesi, böl ve fethet algoritmaları
6) Branch ve bound araması
7) Genetik Algoritma
8) Açgözlü Algoritmalar
9) Gibbs örneklemesi
10) Beklenti Maksimizasyonu
11) Saklı Markov modelleri
12) Bayesian ağlar
13) Grafikler
14) Tekrar

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar: Haftalık ders notları iletilecektir.
Weekly course notes will be provided.
Diğer Kaynaklar: An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology), Neil Jones and Pavel Pevzner, MIT Press, 2004.

Değerlendirme Sistemi

Yarıyıl İçi Çalışmaları Aktivite Sayısı Katkı Payı
Ödev 2 % 10
Projeler 1 % 15
Ara Sınavlar 1 % 25
Final 1 % 50
Toplam % 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI % 35
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI % 65
Toplam % 100

AKTS / İş Yükü Tablosu

Aktiviteler Aktivite Sayısı Süre (Saat) İş Yükü
Ders Saati 14 3 42
Sınıf Dışı Ders Çalışması 14 6 84
Sunum / Seminer 5 4 20
Ara Sınavlar 1 2 2
Final 1 2 2
Toplam İş Yükü 150

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

Etkisi Yok 1 En Düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 En Yüksek
           
Dersin Program Kazanımlarına Etkisi Katkı Payı
1) Stratejik düşünme, profesyonel yazım, etik uygulamalar ve geleneksel ve yeni medyanın yenilikçi kullanımına odaklanarak öğrencileri iletişim profesyonelleri olmak üzere hazırlamak 2
2) Reklamcılık, İkna Edici İletişim, Marka Yönetimi gibi alanlardaki olguların ve gerçeklerin arasındaki ilişki ile ilgili problemleri açıklayabilmek ve tanımlayabilmek
3) Reklamcılık alanındaki teorileri, kavramları, yöntemleri, araçları ve düşünceleri eleştirel olarak tartışabilmek ve yorumlayabilmek
4) Reklamcılık alanındaki yenilikleri takip edebilmek ve yorumlayabilmek
5) Alanda merak ettikleri konu doğrultusunda bilimsel bir bakış açısı sergileyebilmek
6) Geliştirdikleri bilimsel bakış açısı ile alanın ihtiyaçlarını ve sorunlarını çözebilmek
7) Reklamcılık alanında yer alan tüm dinamikleri tanımak ve anlamak
8) Pratik alanda reklamcılık açısından karşılaşılan sorunları analiz ederek, çözümler üretebilmek