MİMARLIK
Lisans	TYYÇ: 6. Düzey	QF-EHEA: 1. Düzey	EQF-LLL: 6. Düzey

Ders Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Yarıyıl	Teorik	Pratik	Kredi	AKTS
GEN4059	Biyoinformatikte İşlemsel Yöntemler	Bahar	3	0	3	6

Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir.

Temel Bilgiler

Öğretim Dili:	English
Dersin Türü:	Non-Departmental Elective
Dersin Seviyesi:	LİSANS
Dersin Veriliş Şekli:	Yüz yüze
Dersin Koordinatörü:	Dr. Öğr. Üyesi ELIZABETH HEMOND
Opsiyonel Program Bileşenleri:	Bulunmuyor.
Dersin Amacı:	Bu dersin amacı, biyoinformatikde kullanılan temel hesaplama yöntemleri ve biyoinformatikde önemli uygulamaları olup aynı zamanda biyoinformatik dışında da pek çok uygulaması olan küme algoritmalar hakkında bir anlayış kazandırmaktır.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1. Nükleik asit ve protein dizilerinin modellenmesinde faydalı olan temel hesaplama modellerini tanır.
2. Çeşitli moleküler biyoloji verisinin analizi için yararlı algoritmaları tasarlar ve uygular.
3. Genetik Algoritma ve bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır.
4. Açgözlü Algoritmalar ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır.
5. Gibbs örneklemesi ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır.
6. Beklenti Maksimizasyonu ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanır.
7. Saklı Markov modelleri ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanır.
8. Bayesian ağlar ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanımlar.
9. Grafikler ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanımlar.

Dersin İçeriği

Bu ders, biyoinformatik uygulamalarda yaygın olarak kullanılan hesaplamalı yöntemler ve algoritmalar konusunda geniş bir alt yapı sağlayacaktır. Çeşitli mevcut yöntemler eleştirel olarak tarif edilecek ve her birinin güçlü ve kısıtlı yönleri ele alınacaktır.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta	Konu	Ön Hazırlık
1)	Hesaplama karmaşıklığı ve algoritma tasarım tekniklerine kısa bir giriş
2)	Kesin dizi arama algoritmaları
3)	Rabin-Karp algoritması, örüntü eşleştirme, soneki ağaçları
4)	Dinamik programlama elemanları, Manhattan turist problemi, k-band algoritması
5)	Yaklaşık dizge eşlemesi, böl ve fethet algoritmaları
6)	Branch ve bound araması
7)	Genetik Algoritma
8)	Açgözlü Algoritmalar
9)	Gibbs örneklemesi
10)	Beklenti Maksimizasyonu
11)	Saklı Markov modelleri
12)	Bayesian ağlar
13)	Grafikler
14)	Tekrar

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar:	Relevant course notes or hand-outs will be supplied.
Diğer Kaynaklar:	1)An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology), Neil Jones and Pavel Pevzner, MIT Press, 2004.

Değerlendirme Sistemi

Yarıyıl İçi Çalışmaları	Aktivite Sayısı	Katkı Payı
Ödev	2	% 10
Projeler	1	% 25
Ara Sınavlar	1	% 25
Final	1	% 40
Toplam		% 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI		% 35
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI		% 65
Toplam		% 100

AKTS / İş Yükü Tablosu

Aktiviteler	Aktivite Sayısı	Süre (Saat)	İş Yükü
Ders Saati	14	3	42
Sınıf Dışı Ders Çalışması	14	7	98
Ara Sınavlar	1	2	2
Final	1	2	2
Toplam İş Yükü			144

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

Etkisi Yok	1 En Düşük	2 Düşük	3 Orta	4 Yüksek	5 En Yüksek

	Dersin Program Kazanımlarına Etkisi	Katkı Payı
1)	Mimari tasarım, tasarım etkinlikleri ve araştırmaları için edindiği kuramsal /kavramsal ve kılgısal bilgiyi kullanır.
2)	Eleştirel düşünme yöntemlerini kullanarak tasarım problemlerinin çözümü için estetik, işlevsel ve yapısal gereklilikleri belirler, tanımlar ve etkin biçimde tartışır.
3)	Yapılaşmış çevrenin oluşumunda önemli girdiler olan toplumsal örüntüler ile kullanıcı gereksinmelerinin, değerlerinin ve davranışsal normların yerel, bölgesel, ulusal ve uluslararası ölçeklerdeki çeşitliliğinin farkında olur.
4)	Mimarlık alanında insan ve toplum odaklı, doğal ve yapılı çevreye duyarlı mimari tasarım yöntemleri hakkında bilgi ve beceri sahibi olur.
5)	Mimarlık ile diğer disiplinler arasındaki ilişkiyi anlama, işbirliği yapabilme, geniş kapsamlı proje geliştirebilme; bağımsız çalışmalarda ve grup çalışmalarında sorumluluk alma becerisine sahip olur.
6)	İnsan hakları ve toplumsal çıkarlar açısından sorumluluğunun bilincinde olarak, yapılaşmış çevrenin tasarımında, doğal ve kültürel değerlerin korunmasına önem verir.
7)	Mimarinin toplumsal, kültürel, çevresel konularını göz önünde tutarak, tasarım problemlerinin çözümünde, doğal ve yapay kaynakların kullanımında sürdürülebilirliğe önem verir.
8)	Mimarlık alanına ilişkin her türlü kavramsal ve kılgısal düşüncesini yazılı, sözlü ve görsel medyayı ve bilişim teknolojilerini kullanarak aktarabilir ve iletişim kurabilir
9)	Taşıyıcı sistem, yapı malzemeleri, bina servis sistemleri, yapım sistemleri, yaşam güvenliği gibi yapı teknolojisine yönelik teknik bilgileri anlama ve kullanabilme becerisi kazanır.
10)	Tasarım ve uygulama süreçlerinde yasal ve etik sorumluluklarının bilincinde olur.