MİMARLIK | |||||
Lisans | TYYÇ: 6. Düzey | QF-EHEA: 1. Düzey | EQF-LLL: 6. Düzey |
Ders Kodu | Ders Adı | Yarıyıl | Teorik | Pratik | Kredi | AKTS |
GEN4059 | Biyoinformatikte İşlemsel Yöntemler | Güz | 3 | 0 | 3 | 6 |
Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir. |
Öğretim Dili: | İngilizce |
Dersin Türü: | Non-Departmental Elective |
Dersin Seviyesi: | LİSANS |
Dersin Veriliş Şekli: | Yüz yüze |
Dersin Koordinatörü: | Dr. Öğr. Üyesi ELIZABETH HEMOND |
Opsiyonel Program Bileşenleri: | Bulunmuyor. |
Dersin Amacı: | Bu dersin amacı, biyoinformatikde kullanılan temel hesaplama yöntemleri ve biyoinformatikde önemli uygulamaları olup aynı zamanda biyoinformatik dışında da pek çok uygulaması olan küme algoritmalar hakkında bir anlayış kazandırmaktır. |
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler; 1. Nükleik asit ve protein dizilerinin modellenmesinde faydalı olan temel hesaplama modellerini tanır. 2. Çeşitli moleküler biyoloji verisinin analizi için yararlı algoritmaları tasarlar ve uygular. 3. Genetik Algoritma ve bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır. 4. Açgözlü Algoritmalar ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır. 5. Gibbs örneklemesi ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır. 6. Beklenti Maksimizasyonu ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanır. 7. Saklı Markov modelleri ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanır. 8. Bayesian ağlar ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanımlar. 9. Grafikler ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanımlar. |
Bu ders, biyoinformatik uygulamalarda yaygın olarak kullanılan hesaplamalı yöntemler ve algoritmalar konusunda geniş bir alt yapı sağlayacaktır. Çeşitli mevcut yöntemler eleştirel olarak tarif edilecek ve her birinin güçlü ve kısıtlı yönleri ele alınacaktır. |
Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
1) | Hesaplama karmaşıklığı ve algoritma tasarım tekniklerine kısa bir giriş | |
2) | Kesin dizi arama algoritmaları | |
3) | Rabin-Karp algoritması, örüntü eşleştirme, soneki ağaçları | |
4) | Dinamik programlama elemanları, Manhattan turist problemi, k-band algoritması | |
5) | Yaklaşık dizge eşlemesi, böl ve fethet algoritmaları | |
6) | Branch ve bound araması | |
7) | Genetik Algoritma | |
8) | Açgözlü Algoritmalar | |
9) | Gibbs örneklemesi | |
10) | Beklenti Maksimizasyonu | |
11) | Saklı Markov modelleri | |
12) | Bayesian ağlar | |
13) | Grafikler | |
14) | Tekrar |
Ders Notları / Kitaplar: | Relevant course notes or hand-outs will be supplied. |
Diğer Kaynaklar: | 1)An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology), Neil Jones and Pavel Pevzner, MIT Press, 2004. |
Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
Ödev | 2 | % 10 |
Projeler | 1 | % 25 |
Ara Sınavlar | 1 | % 25 |
Final | 1 | % 40 |
Toplam | % 100 | |
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 35 | |
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 65 | |
Toplam | % 100 |
Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Süre (Saat) | İş Yükü |
Ders Saati | 14 | 3 | 42 |
Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 7 | 98 |
Ara Sınavlar | 1 | 2 | 2 |
Final | 1 | 2 | 2 |
Toplam İş Yükü | 144 |
Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Düşük | 3 Orta | 4 Yüksek | 5 En Yüksek |
Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
1) | Mimari tasarım, tasarım etkinlikleri ve araştırmaları için edindiği kuramsal /kavramsal ve kılgısal bilgiyi kullanır. | |
2) | Eleştirel düşünme yöntemlerini kullanarak tasarım problemlerinin çözümü için estetik, işlevsel ve yapısal gereklilikleri belirler, tanımlar ve etkin biçimde tartışır. | |
3) | Yapılaşmış çevrenin oluşumunda önemli girdiler olan toplumsal örüntüler ile kullanıcı gereksinmelerinin, değerlerinin ve davranışsal normların yerel, bölgesel, ulusal ve uluslararası ölçeklerdeki çeşitliliğinin farkında olur. | |
4) | Mimarlık alanında insan ve toplum odaklı, doğal ve yapılı çevreye duyarlı mimari tasarım yöntemleri hakkında bilgi ve beceri sahibi olur. | |
5) | Mimarlık ile diğer disiplinler arasındaki ilişkiyi anlama, işbirliği yapabilme, geniş kapsamlı proje geliştirebilme; bağımsız çalışmalarda ve grup çalışmalarında sorumluluk alma becerisine sahip olur. | |
6) | İnsan hakları ve toplumsal çıkarlar açısından sorumluluğunun bilincinde olarak, yapılaşmış çevrenin tasarımında, doğal ve kültürel değerlerin korunmasına önem verir. | |
7) | Mimarinin toplumsal, kültürel, çevresel konularını göz önünde tutarak, tasarım problemlerinin çözümünde, doğal ve yapay kaynakların kullanımında sürdürülebilirliğe önem verir. | |
8) | Mimarlık alanına ilişkin her türlü kavramsal ve kılgısal düşüncesini yazılı, sözlü ve görsel medyayı ve bilişim teknolojilerini kullanarak aktarabilir ve iletişim kurabilir | |
9) | Taşıyıcı sistem, yapı malzemeleri, bina servis sistemleri, yapım sistemleri, yaşam güvenliği gibi yapı teknolojisine yönelik teknik bilgileri anlama ve kullanabilme becerisi kazanır. | |
10) | Tasarım ve uygulama süreçlerinde yasal ve etik sorumluluklarının bilincinde olur. |