BİYOMEDİKAL MÜHENDİSLİĞİ
Lisans	TYYÇ: 6. Düzey	QF-EHEA: 1. Düzey	EQF-LLL: 6. Düzey

Ders Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Yarıyıl	Teorik	Pratik	Kredi	AKTS
MBG2003	Biyoloji Bilimleri İçin Hesaplama I	Bahar	2	2	3	7

Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir.

Temel Bilgiler

Öğretim Dili:	English
Dersin Türü:	Non-Departmental Elective
Dersin Seviyesi:	LİSANS
Dersin Veriliş Şekli:	Yüz yüze
Dersin Koordinatörü:	Dr. Öğr. Üyesi CEMALETTİN BEKPEN
Dersi Veren(ler):	Dr. Öğr. Üyesi SERKAN AYVAZ Prof. Dr. SÜREYYA AKYÜZ
Dersin Amacı:	Bu ders, teori ile pratiği birleştiren hesaplamalı biyolojinin temellerini öğrenmek için yöntem ve araçları kapsar. Hem hesaplamalı biyolojideki temel konuları hem de güncel araştırma sınırlarını ele alıyoruz. Temel teknikleri, alandaki son gelişmeleri inceliyoruz ve doğrudan mevcut büyük ölçekli biyolojik veri kümeleriyle çalışıyoruz.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
Dersin sonunda öğrenciler şunları yapabileceklerdir:

Genomlar: Biyolojik dizi analizi, karşılaştırmalı genomik, RNA yapısı, dizi hizalama, Yeni Nesil Diziler, Tüm Genom Haritalama, Transkriptomik

Ağlar: Gen ifadesi, kümeleme/sınıflandırma, motifler, Bayesian ağları, mikroRNA'lar, düzenleyici genomik, epigenomik

Evrim: Gen / tür ağaçları, filogenomik, birleşme, kişisel genomik, popülasyon genomiği, insan soyu, son seçilim, hastalık haritalama

Dersin İçeriği

Genel olarak biyolojik verilerin özeldeyse genom dizilerinin değerlendirilmesi ve ilgili bilişim araçlarının etkin şekilde kullanılması.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta	Konu	Ön Hazırlık
1)	Introduction	Okuma
2)	Genomik veri madenciliği (Biyolojik Veritabanları)	Okuma
3)	Sekanslama (Yöntemler ve Sekanslama teknolojileri)	Okuma
4)	Tüm Genom Haritalama ve Kişisel Genomik	Okuma
5)	Varyant Tespiti ve Yöntemlerinin Aşağı Akış Analizi Tek Nükleotid Varyasyonları (TNP'ler) Yapısal Varyasyonlar (YV'ler) Kopya Sayısı Varyasyonu (KSV'ler) (Bölüm I)	Okuma
6)	Genomik Varyasyon Genomik Varyasyonu Nasıl ve Neden Tespit Ediyoruz (Genom Çapında Analiz (GÇA))
7)	Varyant Tespiti ve Yöntemlerinin Aşağı Akış Analizi Tek Nükleotid Varyasyonları (TNP'ler) Yapısal Varyasyonlar (YV'ler) Kopya Sayısı Varyasyonu (KSV'ler) (Bölüm II)	Okuma
8)	RNA_Seq Analizi ve Transkriptomik (Bölüm I)	Okuma
9)	Ara sınav için tekrar	Okuma
10)	RNA_Seq Analizi ve Transkriptomik (Bölüm II)	Okuma
11)	Genom Birleştirme ve Annotasyon	Okuma
12)	Karşılaştırmalı Hesaplamalı Biyoloji Yöntemleri	Okuma
13)	Karşılaştırmalı Genomik	Okuma
14)	Final tekrarı	Okuma ve Tartışma

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar:	Ders notları verilecektir. Course notes will be supplied.
Diğer Kaynaklar:	Computational Biology Series Editors: Dress, A., Linial, M., Troyanskaya, O., Vingron, M. ISSN: 1568-2684, 2009

Değerlendirme Sistemi

Yarıyıl İçi Çalışmaları	Aktivite Sayısı	Katkı Payı
Projeler	1	% 40
Ara Sınavlar	1	% 20
Final	1	% 40
Toplam		% 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI		% 20
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI		% 80
Toplam		% 100

AKTS / İş Yükü Tablosu

Aktiviteler	Aktivite Sayısı	Süre (Saat)	İş Yükü
Ders Saati	14	4	56
Sınıf Dışı Ders Çalışması	14	7	98
Proje	5	4	20
Ara Sınavlar	1	2	2
Final	1	2	2
Toplam İş Yükü			178

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

Etkisi Yok	1 En Düşük	2 Düşük	3 Orta	4 Yüksek	5 En Yüksek

	Dersin Program Kazanımlarına Etkisi	Katkı Payı
1)	Matematik (analiz, lineer, cebir, diferansiyel denklemler, istatistik), fen bilimleri (fizik, kimya, biyoloji) ve ilgili mühendislik disiplinine özgü konularda yeterli bilgi birikimi ile bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri karmaşık mühendislik problemlerinde kullanabilme becerisine sahip olmak.
2)	Karmaşık Biyomedikal mühendisliği problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi; bu amaçla uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçme ve uygulama becerisi kazanmak.
3)	Karmaşık Biyomedikal sistemleri, süreçleri, cihazları veya ürünleri gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlayabilmek ve bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygulama yetkinliği kazanmak.
4)	Biyomedikal mühendisliği uygulamalarında karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirme, seçme ve kullanma becerisi kazanmak, bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanabilmek.
5)	Karmaşık Biyomedikal Mühendisliği problemlerinin veya araştırma konularının incelenmesi için nümerik veya fiziksel deney tasarlayabilmek ve uygulayabilmek, veri toplamak ve sonuçları analiz ederek yorumlayabilmek.
6)	Biyomedikal Mühendisliğini ilgilendiren problemlerde bireysel ve ilgili çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışabilmek.
7)	Türkçe sözlü ve yazılı etkin iletişim kurma becerisi kazanmış olmak, Biyomedikal mühendisliği alanındaki yenilikleri takip edebilecek düzeyde İngilizce dil bilgisi (Avrupa Dil Portföyü B1 genel düzeyi) kazanmış olmak; etkin rapor yazma ve yazılı raporları anlama, tasarım ve üretim raporları hazırlayabilmek, etkin sunum yapabilmek, açık ve anlaşılır talimat verme ve alma becerisi kazanmış olmak.
8)	Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci; bilgiye erişebilme, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerilerine sahip olmak.
9)	Biyomedikal mühendisliği etik ilkelerine uygun davranmanın önemi ve mesleki sorumluluk ve etik sorumluluk bilinci ile biyomedikal mühendisliği uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi sahibi olmak
10)	Proje yönetimi, risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi, iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi; girişimcilik, yenilikçilik hakkında farkındalık; sürdürülebilir kalkınma hakkında bilgi sahibi olmak.
11)	Biyomedikal Mühendisliği uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları hakkında bilgi sahibi olmak; Biyomedikal mühendisliği çözümlerinin hukuksal sonuçları hakkında farkındalık sahibi olmak.