MBG1002 Introduction to BioinformaticsBahçeşehir ÜniversitesiAkademik Programlar BANKACILIK VE SİGORTACILIK (TÜRKÇE)Öğrenciler için Genel BilgiDiploma EkiErasmus BeyanıUlusal YeterliliklerBologna Komisyonu
BANKACILIK VE SİGORTACILIK (TÜRKÇE)
Önlisans TYYÇ: 5. Düzey QF-EHEA: Kısa Düzey EQF-LLL: 5. Düzey

Ders Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Yarıyıl Teorik Pratik Kredi AKTS
MBG1002 Biyoinformatiğe Giriş Bahar
Güz
3 0 3 5
Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir.

Temel Bilgiler

Öğretim Dili: English
Dersin Türü: Non-Departmental Elective
Dersin Seviyesi: ÖNLİSANS
Dersin Veriliş Şekli: Yüz yüze
Dersin Koordinatörü: Dr. Öğr. Üyesi ELIZABETH HEMOND
Dersi Veren(ler): Prof. Dr. SÜREYYA AKYÜZ
Dr. Öğr. Üyesi SERKAN AYVAZ
Opsiyonel Program Bileşenleri: Bulunmuyor.
Dersin Amacı: Bu ders, öğrencileri insan genomu ve ilgili verilerin bilgi kaynaklarını sonuna kadar kullanma ile yüksek performanslı hesaplamadaki gelişmelerin biraraya geldiği disiplinlerarası bir alanda, biyoinformatik alanında çalışmaya hazırlar.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1. Biyolog, biyokimyacı, tıbbi araştırmacılar, genetikçiler ve bilgisayar mühendislerinden oluşan disiplinler arası takımlar halinde çalışmayı tanır.
2. Büyük veritabanları üzerinde karmaşık arama yapma ve sonuçları yorumlamayı gerçekleştirir.
3. Genomik karşılaştırmalar yapma, genleri ve büyük genomik bölgeleri genom tarayıcılarda göstermeyi gerçekleştirir.
4. Parça bütünleme, gen bulma, protein katlanması ve mikroarray çalışmaları dahil olmak üzere temel biyoinformatik sorunları ve çözümlerini tanır.
5. İstatistiksel önem kavramları kullanarak sonuçları olasılık terimleriyle analiz eder.
6. Dizileme teknikleri, doğasında olan hesaplama problemleri, olası çözümleri tanır.
7. Markov Model kurma ve bunun gen tahmini için kullanımını tanımlar.
8. Mikroarray verilerinin analizi için hesaplama yöntemlerinin tanır ve bu verileri kullanarak gen ekspresyonu yorumlanmasını tartışır.
9.İnsan Genom Projesi ve sonuçları ile ilgili etik, yasal ve sosyal konularda tartışır.

Dersin İçeriği

Biyoinformatik, moleküler biyoloji, istatistik ve bilgisayar bilimlerini entegre eden ve hızla büyüyen bir alandır. Bu ders, DNA ve protein dizi analizinin matematiksel modelleri ve bilgisayar algoritmalarına adanmıştır. Bu derste, öğrenciler biyoinformatik analizleri yapmak için birçok popüler araçları öğrenecek ve bu algoritmaların esinlendiği düşünceler tanıtılacaktır. Var olan çeşitli biyoinformatik yöntemler eleştirel olarak tarif edilecek ve her birinin güçlü ve limitli yönleri tartışılacaktır.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Konu Ön Hazırlık
1) Giriş: Olasılık ve istatistik temelleri.
2) Nükleik asit ve protein dizilerinin analizi.
3) Web üzerindeki moleküler biyoloji veritabanları.
4) İnternetde var olan Biyoinformatik yazılımları
5) Genom nasıl çalışılır, Harita ve Diziler, İnsan Genom Projesi
6) Dizileme: Next Gen, Exome, Shotgun Dizileme
7) Parça Biraraya Getirme Problemi; Dizi Hizalama Modelleri: Kısa Ortak Superstring, Reconstruction, Multicontig, Grafik Modeli
8) Kısıtlama haritalama: a) Çift Digest Problemi, b) Kısmi Digest Sorunu
9) Hesaplamalı Gen Avcılığı, Gen bulma yöntemleri, dizi paternleri, Hidden Markov Modeller.
10) Gen ifadesine biyoinformatik yaklaşımlar
11) Protein katlanma problemi
12) Genom Yeniden-düzenlemeleri
13) Suffix ağaçları I
14) Suffix ağaçları II

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar: Biyoinformatik ders notları haftalık olarak verilecektir.
Course material will be supplied weekly.
Diğer Kaynaklar: 1) Pevsner J., Bioinformatics and Functional Genomics, Wiley-Liss, 2009
2) Mount D.W., Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2nd edition), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004
3) Krane D.E., Raymer M.L., Fundamental Concepts of Bioinformatics, Benjamin Cummings, 2003
4) Setubal C., Meidanis J., Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing, 1997"

Değerlendirme Sistemi

Yarıyıl İçi Çalışmaları Aktivite Sayısı Katkı Payı
Ödev 2 % 15
Projeler 1 % 20
Ara Sınavlar 1 % 25
Final 1 % 40
Toplam % 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI % 40
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI % 60
Toplam % 100

AKTS / İş Yükü Tablosu

Aktiviteler Aktivite Sayısı Süre (Saat) İş Yükü
Ders Saati 14 3 42
Sınıf Dışı Ders Çalışması 14 5 70
Proje 1 10 10
Ara Sınavlar 1 2 2
Final 1 2 2
Toplam İş Yükü 126

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

Etkisi Yok 1 En Düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 En Yüksek
           
Dersin Program Kazanımlarına Etkisi Katkı Payı
1) Bankacılık ve Sigortacılık mesleklerinin temel kavramlarını anlama becerisine sahip olmak ve çalışma hayatında etkin bir şekilde kullanabilir.
2) Mesleği ile ilgili konularda, ferdi ve gerektiğinde ekip halinde çalışma becerisine sahip olmak ve sektörü ile ilgili yenilikleri takip ederek uygulayabilmek.
3) Çalıştıkları sektörde hukuki sorumlulukları yerine getirebilecek, ilgili mevzuatı takip edip uygulayacak bilgi ve donanıma sahip olmak.
4) Ülke ekonomisi ve işletmeler açısından, bankacılık ve sigortacılığın önemini anlamak ve doğru ifade edebilmek.
5) Mesleğinin gerektirdiği düzeyde bilgisayar kullanarak, mesleği ile ilgili çalışmalar yapabilmek, bilgi depolayabilmek ve bu bilgiyi yerinde ve etkin kullanabilmek.
6) Günlük ticari faaliyetlerde sorunlara karşı pratik çözüm bulmak ve doğru karar verme becerisini kazandırmak.
7) Bankacılık ve sigortacılık sektöründe ve genel olarak da finans sektöründe sorumluluk üstlenebilmek ve yasal şartları sağladıktan sonra kendi adına işyeri açıp, çalıştırabilecek niteliklere sahip olmak.
8) Banka ve sigorta ile ilgili muhasebe işlemlerini yapabilme yeterliliğine sahip olmak.
9) İş yaşamında, etkin iletişim kuran ve ikna becerisine sahip, müşteri ilişkilerini etkin kurabilecek yeterliliğe sahip olmak.
10) Öğrenim sürecinde elde edilen bilgileri neden- sonuç ilişkisine göre değerlendirebilmek, hangi bilgiyi, nerede, ne zaman ve nasıl kullanacağını bilen, meslek elemanı niteliğine sahip olmak.