DIŞ TİCARET (TÜRKÇE) | |||||
Önlisans | TYYÇ: 5. Düzey | QF-EHEA: Kısa Düzey | EQF-LLL: 5. Düzey |
Ders Kodu | Ders Adı | Yarıyıl | Teorik | Pratik | Kredi | AKTS |
MBG1002 | Biyoinformatiğe Giriş | Bahar Güz |
3 | 0 | 3 | 5 |
Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir. |
Öğretim Dili: | English |
Dersin Türü: | Non-Departmental Elective |
Dersin Seviyesi: | ÖNLİSANS |
Dersin Veriliş Şekli: | Yüz yüze |
Dersin Koordinatörü: | Dr. Öğr. Üyesi ELIZABETH HEMOND |
Dersi Veren(ler): |
Prof. Dr. SÜREYYA AKYÜZ Dr. Öğr. Üyesi SERKAN AYVAZ |
Opsiyonel Program Bileşenleri: | Bulunmuyor. |
Dersin Amacı: | Bu ders, öğrencileri insan genomu ve ilgili verilerin bilgi kaynaklarını sonuna kadar kullanma ile yüksek performanslı hesaplamadaki gelişmelerin biraraya geldiği disiplinlerarası bir alanda, biyoinformatik alanında çalışmaya hazırlar. |
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler; 1. Biyolog, biyokimyacı, tıbbi araştırmacılar, genetikçiler ve bilgisayar mühendislerinden oluşan disiplinler arası takımlar halinde çalışmayı tanır. 2. Büyük veritabanları üzerinde karmaşık arama yapma ve sonuçları yorumlamayı gerçekleştirir. 3. Genomik karşılaştırmalar yapma, genleri ve büyük genomik bölgeleri genom tarayıcılarda göstermeyi gerçekleştirir. 4. Parça bütünleme, gen bulma, protein katlanması ve mikroarray çalışmaları dahil olmak üzere temel biyoinformatik sorunları ve çözümlerini tanır. 5. İstatistiksel önem kavramları kullanarak sonuçları olasılık terimleriyle analiz eder. 6. Dizileme teknikleri, doğasında olan hesaplama problemleri, olası çözümleri tanır. 7. Markov Model kurma ve bunun gen tahmini için kullanımını tanımlar. 8. Mikroarray verilerinin analizi için hesaplama yöntemlerinin tanır ve bu verileri kullanarak gen ekspresyonu yorumlanmasını tartışır. 9.İnsan Genom Projesi ve sonuçları ile ilgili etik, yasal ve sosyal konularda tartışır. |
Biyoinformatik, moleküler biyoloji, istatistik ve bilgisayar bilimlerini entegre eden ve hızla büyüyen bir alandır. Bu ders, DNA ve protein dizi analizinin matematiksel modelleri ve bilgisayar algoritmalarına adanmıştır. Bu derste, öğrenciler biyoinformatik analizleri yapmak için birçok popüler araçları öğrenecek ve bu algoritmaların esinlendiği düşünceler tanıtılacaktır. Var olan çeşitli biyoinformatik yöntemler eleştirel olarak tarif edilecek ve her birinin güçlü ve limitli yönleri tartışılacaktır. |
Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
1) | Giriş: Olasılık ve istatistik temelleri. | |
2) | Nükleik asit ve protein dizilerinin analizi. | |
3) | Web üzerindeki moleküler biyoloji veritabanları. | |
4) | İnternetde var olan Biyoinformatik yazılımları | |
5) | Genom nasıl çalışılır, Harita ve Diziler, İnsan Genom Projesi | |
6) | Dizileme: Next Gen, Exome, Shotgun Dizileme | |
7) | Parça Biraraya Getirme Problemi; Dizi Hizalama Modelleri: Kısa Ortak Superstring, Reconstruction, Multicontig, Grafik Modeli | |
8) | Kısıtlama haritalama: a) Çift Digest Problemi, b) Kısmi Digest Sorunu | |
9) | Hesaplamalı Gen Avcılığı, Gen bulma yöntemleri, dizi paternleri, Hidden Markov Modeller. | |
10) | Gen ifadesine biyoinformatik yaklaşımlar | |
11) | Protein katlanma problemi | |
12) | Genom Yeniden-düzenlemeleri | |
13) | Suffix ağaçları I | |
14) | Suffix ağaçları II |
Ders Notları / Kitaplar: | Biyoinformatik ders notları haftalık olarak verilecektir. Course material will be supplied weekly. |
Diğer Kaynaklar: | 1) Pevsner J., Bioinformatics and Functional Genomics, Wiley-Liss, 2009 2) Mount D.W., Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2nd edition), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004 3) Krane D.E., Raymer M.L., Fundamental Concepts of Bioinformatics, Benjamin Cummings, 2003 4) Setubal C., Meidanis J., Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing, 1997" |
Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
Ödev | 2 | % 15 |
Projeler | 1 | % 20 |
Ara Sınavlar | 1 | % 25 |
Final | 1 | % 40 |
Toplam | % 100 | |
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 40 | |
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 60 | |
Toplam | % 100 |
Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Süre (Saat) | İş Yükü |
Ders Saati | 14 | 3 | 42 |
Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 5 | 70 |
Proje | 1 | 10 | 10 |
Ara Sınavlar | 1 | 2 | 2 |
Final | 1 | 2 | 2 |
Toplam İş Yükü | 126 |
Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Düşük | 3 Orta | 4 Yüksek | 5 En Yüksek |
Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
1) | Uluslararası ticaretin başlıca teorileri ve terminolojisi hakkında bilgi sahibidir. | |
2) | Gümrük işlemleri hakkında bilgi sahibidir. | |
3) | Uluslararası finans ve muhasebe bilgisini iş hayatına uygular. | |
4) | Bilgisayar ve gerekli paket programları kullanır. | |
5) | Avrupa Birliği ve Türkiye’nin dış ticaret yapısını analiz eder. | |
6) | Uluslararası pazarlamanın temel mantığını bilir. | |
7) | Dış ticaretin yasal çerçevesini oluşturan başlıca hukuk kuralları ve mevzuatları bilir. | |
8) | Dış ticaret firmalarının karşılaşabileceği riskleri değerlendirir ve analiz eder. | |
9) | Uluslararası lojistik ve taşımacılık konularında bilgi sahibidir. | |
10) | Uluslararası platformlarda çalışabilecek nitelik ve yeterliliklere sahiptir. | |
11) | Sözlü ve yazılı olarak etkin iletişim becerilerini kullanır. | |
12) | Dış ticaret ile ilgili ulusal ve uluslararası çerçevede güncel ve ekonomik gelişmeleri takip eder. | |
13) | Piyasanın ihtiyaç duyduğu nitelikli elemanlarda aranan mesleki etik değerlere sahip olur, yazılı ve sözlü iletişimde Türk dilini etkin kullanır; alanıyla ilgili uluslararası yazışmaları yapabilecek mesleki yabancı dil bilgisine sahiptir. |