ENDÜSTRİYEL TASARIM
Lisans	TYYÇ: 6. Düzey	QF-EHEA: 1. Düzey	EQF-LLL: 6. Düzey

Ders Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Yarıyıl	Teorik	Pratik	Kredi	AKTS
MBG1002	Biyoinformatiğe Giriş	Bahar Güz	3	0	3	5

Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir.

Temel Bilgiler

Öğretim Dili:	English
Dersin Türü:	Non-Departmental Elective
Dersin Seviyesi:	LİSANS
Dersin Veriliş Şekli:	Yüz yüze
Dersin Koordinatörü:	Dr. Öğr. Üyesi CEMALETTİN BEKPEN
Dersi Veren(ler):	Prof. Dr. SÜREYYA AKYÜZ Dr. Öğr. Üyesi SERKAN AYVAZ
Opsiyonel Program Bileşenleri:	Bulunmuyor.
Dersin Amacı:	Biyoinformatik (hesaplamalı moleküler biyoloji), biyolojik moleküllerin ve sistemlerin dizilimi, yapısı ve işlevi hakkındaki bilgileri yönetmek ve analiz etmek için hesaplamalı yöntemlerin uygulanmasını içerir. Bu giriş dersi, biyolojik verileri analiz ederken karşılaşılan yaygın ancak zor soruları ele almak için istatistiksel ve algoritmik kavramları kapsayacaktır. Biyolojik veriler, canlı hücrelerde bulunan bilgi düzeylerine göre kategorize edilebilir: DNA, RNA, proteinler, metabolitler ve diğer küçük moleküller. Bu ders modüller halinde düzenlenmiştir, her bölüm belirli bir biyolojik veri türüne, bu verilerle ilişkili biyolojik sorulara ve bu soruları ele almak için hesaplama yaklaşımlarına odaklanmaktadır. Bu dersin amacı aşağıdaki konuların anlaşılmasını sağlamaktır: 1_Biyolojik veri türleri 2_Biyolojik verileri analiz ederken ortaya çıkan hesaplama sorunları 3_Hesaplamalı biyolojide önemli uygulamaları olan, ancak biyoloji dışında da önemli uygulamaları olan bir dizi algoritma. 4_Hesaplamalı biyolojide yaygın olarak kullanılan algoritmaların çekirdek kümesi

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1. Biyolog, biyokimyacı, tıbbi araştırmacılar, genetikçiler ve bilgisayar mühendislerinden oluşan disiplinler arası takımlar halinde çalışmayı tanır.
2. Büyük veritabanları üzerinde karmaşık arama yapma ve sonuçları yorumlamayı gerçekleştirir.
3. Genomik karşılaştırmalar yapma, genleri ve büyük genomik bölgeleri genom tarayıcılarda göstermeyi gerçekleştirir.
4. Parça bütünleme, gen bulma, protein katlanması ve mikroarray çalışmaları dahil olmak üzere temel biyoinformatik sorunları ve çözümlerini tanır.
5. İstatistiksel önem kavramları kullanarak sonuçları olasılık terimleriyle analiz eder.
6. Dizileme teknikleri, doğasında olan hesaplama problemleri, olası çözümleri tanır.
7. Markov Model kurma ve bunun gen tahmini için kullanımını tanımlar.
8. Mikroarray verilerinin analizi için hesaplama yöntemlerinin tanır ve bu verileri kullanarak gen ekspresyonu yorumlanmasını tartışır.
9.İnsan Genom Projesi ve sonuçları ile ilgili etik, yasal ve sosyal konularda tartışır.

Dersin İçeriği

Biyoinformatik, moleküler biyoloji, istatistik ve bilgisayar bilimlerini entegre eden ve hızla büyüyen bir alandır. Bu ders, DNA ve protein dizi analizinin matematiksel modelleri ve bilgisayar algoritmalarına adanmıştır. Bu derste, öğrenciler biyoinformatik analizleri yapmak için birçok popüler araçları öğrenecek ve bu algoritmaların esinlendiği düşünceler tanıtılacaktır. Var olan çeşitli biyoinformatik yöntemler eleştirel olarak tarif edilecek ve her birinin güçlü ve limitli yönleri tartışılacaktır.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta	Konu	Ön Hazırlık
1)	Bioinformatiğe Giriş
2)	Genomik veri madenciliği (Biyolojik Veritabanları)
3)	Sekanslama (Yöntemler ve Sekanslama teknolojileri)
4)	Dizi Arama
5)	Genomik Varyasyon
6)	Dizi Hizalama
7)	Moleküler Filogenetik
8)	Tüm Genom Dizileme ve Haritalama
9)	Ara sınav için tekrar
10)	Varyant Tespitinin Aşağı Akış Analizi (TNP'ler, YÇ'ler, KSÇ'ler)
11)	Omik Veri Analizi (Transkriptomik, Proteomik)
12)	Omik Veri Analizi (Epigenomik, Paleogenomik)
13)	Omik Veri Analizi (Fonksiyonel Genomik, Metagenomik)
14)	Genel Tekrar

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar:	Biyoinformatik ders notları haftalık olarak verilecektir. Course material will be supplied weekly. 1) Pevsner J. 2015. Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Ed. Wiley Blackwell.
Diğer Kaynaklar:	1) Pevsner J., Bioinformatics and Functional Genomics, Wiley-Liss, 2009 2) Mount D.W., Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2nd edition), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004 3) Krane D.E., Raymer M.L., Fundamental Concepts of Bioinformatics, Benjamin Cummings, 2003 4) Setubal C., Meidanis J., Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing, 1997"

Değerlendirme Sistemi

Yarıyıl İçi Çalışmaları	Aktivite Sayısı	Katkı Payı
Ödev	1	% 20
Ara Sınavlar	1	% 30
Final	1	% 50
Toplam		% 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI		% 50
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI		% 50
Toplam		% 100

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

Etkisi Yok	1 En Düşük	2 Düşük	3 Orta	4 Yüksek	5 En Yüksek

	Dersin Program Kazanımlarına Etkisi	Katkı Payı
1)	Endüstri Ürünleri Tasarımı meslek alanının kuramsal ve uygulamalı bilgi birikimine sahip olmak
2)	Mesleki bilgiyi ürün, hizmet ve deneyim geliştirme alanlarında uygulayabilmek
3)	Tasarım kavramlarını, mesleki kültür ve dili anlayabilmek, kullanabilmek, yorum yapabilmek ve değerlendirmek
4)	Endüstri ürünleri tasarımı alanında araştırma yöntemlerini bilmek, bu yöntemlerle bilgi toplamak, toplanan bilgiyi yorumlamak ve uygulayabilmek
5)	Endüstri ürünleri tasarımı problemlerini tanımlamak, problem koşul ve gereklerini değerlendirebilmek, çözüm önerileri üretebilmek
6)	Endüstri Ürünleri Tasarımında önerilen çözümlerin toplumsal, kültürel, çevresel, ekonomik ve insani değerlerin göz önünde bulundurarak geliştirilmesi; kişisel farklılık ve yetenek düzeylerine duyarlı olması
7)	Tasarım kavramlarına ve çözümlerine ait bilgiyi, yazılı, sözlü ve görsel anlatım yöntemleriyle aktarma yeteneğine sahip olmak
8)	Tasarım çözümlerine ait malzeme, biçimlenme,detaylandırma, servis ve üretim yöntemleri kavramları arasındaki ilişkiyi ve yöntemleri tanımlayabilmek ve uygulayabilmek
9)	Endüstri ürünleri tasarımı çözüm ve uygulamalarını anlatabilecek düzeyde bilgisayar destekli bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanmak
10)	Endüstri ürünleri tasarımının disiplinler arası yapısına kaynak oluşturan, işletme, mühendislik, psikoloji, ergonomi, görsel iletişim alanlarına ait tasarım çözümlerini destekleyecek yöntem ve bilgiye sahip olmak; gerektiğinde bu alanlara ait bilgiyi araştırma, edinme ve kullanma yeteneğine sahip olmak
11)	Bir yabancı dili kullanarak endüstri ürünleri tasarımı alanına ait dile hakim olabilmek ve farklı kültürlerden meslektaşlarıyla iletişim kurabilmek
12)	Teknolojik ve bilimsel gelişmelere bağlı olarak mesleğin gereksinim duyduğu yeni tasarım konularını ve eğilimlerini takip edebilmek ve değerlendirebilmek
13)	Tasarım sürecini, bireysel ve ekip olarak planlayabilmek, yönetebilmek ve yürütebilmek.