EKONOMİ VE FİNANS | |||||
Lisans | TYYÇ: 6. Düzey | QF-EHEA: 1. Düzey | EQF-LLL: 6. Düzey |
Ders Kodu | Ders Adı | Yarıyıl | Teorik | Pratik | Kredi | AKTS |
MBG1002 | Biyoinformatiğe Giriş | Güz | 3 | 0 | 3 | 5 |
Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir. |
Öğretim Dili: | English |
Dersin Türü: | Non-Departmental Elective |
Dersin Seviyesi: | LİSANS |
Dersin Veriliş Şekli: | Yüz yüze |
Dersin Koordinatörü: | Dr. Öğr. Üyesi ELIZABETH HEMOND |
Dersi Veren(ler): |
Prof. Dr. SÜREYYA AKYÜZ Dr. Öğr. Üyesi SERKAN AYVAZ |
Opsiyonel Program Bileşenleri: | Bulunmuyor. |
Dersin Amacı: | Bu ders, öğrencileri insan genomu ve ilgili verilerin bilgi kaynaklarını sonuna kadar kullanma ile yüksek performanslı hesaplamadaki gelişmelerin biraraya geldiği disiplinlerarası bir alanda, biyoinformatik alanında çalışmaya hazırlar. |
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler; 1. Biyolog, biyokimyacı, tıbbi araştırmacılar, genetikçiler ve bilgisayar mühendislerinden oluşan disiplinler arası takımlar halinde çalışmayı tanır. 2. Büyük veritabanları üzerinde karmaşık arama yapma ve sonuçları yorumlamayı gerçekleştirir. 3. Genomik karşılaştırmalar yapma, genleri ve büyük genomik bölgeleri genom tarayıcılarda göstermeyi gerçekleştirir. 4. Parça bütünleme, gen bulma, protein katlanması ve mikroarray çalışmaları dahil olmak üzere temel biyoinformatik sorunları ve çözümlerini tanır. 5. İstatistiksel önem kavramları kullanarak sonuçları olasılık terimleriyle analiz eder. 6. Dizileme teknikleri, doğasında olan hesaplama problemleri, olası çözümleri tanır. 7. Markov Model kurma ve bunun gen tahmini için kullanımını tanımlar. 8. Mikroarray verilerinin analizi için hesaplama yöntemlerinin tanır ve bu verileri kullanarak gen ekspresyonu yorumlanmasını tartışır. 9.İnsan Genom Projesi ve sonuçları ile ilgili etik, yasal ve sosyal konularda tartışır. |
Biyoinformatik, moleküler biyoloji, istatistik ve bilgisayar bilimlerini entegre eden ve hızla büyüyen bir alandır. Bu ders, DNA ve protein dizi analizinin matematiksel modelleri ve bilgisayar algoritmalarına adanmıştır. Bu derste, öğrenciler biyoinformatik analizleri yapmak için birçok popüler araçları öğrenecek ve bu algoritmaların esinlendiği düşünceler tanıtılacaktır. Var olan çeşitli biyoinformatik yöntemler eleştirel olarak tarif edilecek ve her birinin güçlü ve limitli yönleri tartışılacaktır. |
Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
1) | Giriş: Olasılık ve istatistik temelleri. | |
2) | Nükleik asit ve protein dizilerinin analizi. | |
3) | Web üzerindeki moleküler biyoloji veritabanları. | |
4) | İnternetde var olan Biyoinformatik yazılımları | |
5) | Genom nasıl çalışılır, Harita ve Diziler, İnsan Genom Projesi | |
6) | Dizileme: Next Gen, Exome, Shotgun Dizileme | |
7) | Parça Biraraya Getirme Problemi; Dizi Hizalama Modelleri: Kısa Ortak Superstring, Reconstruction, Multicontig, Grafik Modeli | |
8) | Kısıtlama haritalama: a) Çift Digest Problemi, b) Kısmi Digest Sorunu | |
9) | Hesaplamalı Gen Avcılığı, Gen bulma yöntemleri, dizi paternleri, Hidden Markov Modeller. | |
10) | Gen ifadesine biyoinformatik yaklaşımlar | |
11) | Protein katlanma problemi | |
12) | Genom Yeniden-düzenlemeleri | |
13) | Suffix ağaçları I | |
14) | Suffix ağaçları II |
Ders Notları / Kitaplar: | Biyoinformatik ders notları haftalık olarak verilecektir. Course material will be supplied weekly. |
Diğer Kaynaklar: | 1) Pevsner J., Bioinformatics and Functional Genomics, Wiley-Liss, 2009 2) Mount D.W., Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2nd edition), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004 3) Krane D.E., Raymer M.L., Fundamental Concepts of Bioinformatics, Benjamin Cummings, 2003 4) Setubal C., Meidanis J., Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing, 1997" |
Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
Ödev | 2 | % 15 |
Projeler | 1 | % 20 |
Ara Sınavlar | 1 | % 25 |
Final | 1 | % 40 |
Toplam | % 100 | |
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 40 | |
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 60 | |
Toplam | % 100 |
Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Süre (Saat) | İş Yükü |
Ders Saati | 14 | 3 | 42 |
Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 5 | 70 |
Proje | 1 | 10 | 10 |
Ara Sınavlar | 1 | 2 | 2 |
Final | 1 | 2 | 2 |
Toplam İş Yükü | 126 |
Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Düşük | 3 Orta | 4 Yüksek | 5 En Yüksek |
Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
1) | Matematik ve istatistik alanlarında geliştirilen bilgili birikimi ile hem mikro hem de makro düzeyde ekonomik mekanizmaların nasıl çalıştığını anlamak. | 3 |
2) | Piyasaların, sanayinin ve piyasa düzenleme ve politikalarının ortak ve ayırt edici özelliklerini anlamak. | 2 |
3) | İktisadi gelişmelere farklı açılardan bakabilme becerisi geliştirmek, bu farklı açıların iktisat tarihi boyunca neden ve nasıl oluşturulduğunu kavramak, ve bu bakış açıları arasındaki farkları ekonomik olayları açıklayabilme derecelerine göre anlamak. | 1 |
4) | Siyasetin ekonomiye müdahalelerini ve aynı şekilde ekonominin siyasete müdahalelerini tahlil etmek. | 3 |
5) | Eğitim sürecinde edindiği iktisadi bilgileri günlük ekonomik sorunların çözümünde kullanabilme ve bu sorunlara önerilen karşıt çözüm politikalarını değerlendirebilme becerisini kazanmak. | 2 |
6) | Güncel ve yeni ekonomik gelişmeleri ve yeni iktisadi yaklaşımların nasıl oluştuğunu kavramak ve değerlendirmek. | 2 |
7) | Belirli ekonomik gelişmeleri ve haberleri yazılı, sözlü ve grafiklerle açıklayabilme ve aktarabilme becerilerini geliştirmek. | 3 |
8) | İktisadi meselelerin nasıl çözümlenebileceğini bilmek ve bu doğrultuda belli bir hipotez, ilgili yazın taraması, metodoloji ve görgül sonuçlar içerecek şekilde planlı yazılmış çözümler üretebilmek. | 2 |
9) | Kazanılan sayısal ve sözel becerileri gösterebilmek ve iktisadi varsayımlar ve çıkarımları destekleyecek bulguları sunmak. | 2 |
10) | Bir yabancı dili kullanarak ekonomiyle ilgili bilgileri ve değişiklikleri izleyebilmek ve meslektaşları ile iletişim kurabilmek. | 3 |