LOJİSTİK (TÜRKÇE)
Önlisans	TYYÇ: 5. Düzey	QF-EHEA: Kısa Düzey	EQF-LLL: 5. Düzey

Ders Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Yarıyıl	Teorik	Pratik	Kredi	AKTS
MBG4059	Biyoinformatikte İşlemsel Yöntemler	Güz	3	0	3	6

Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir.

Temel Bilgiler

Öğretim Dili:	İngilizce
Dersin Türü:	Non-Departmental Elective
Dersin Seviyesi:	ÖNLİSANS
Dersin Veriliş Şekli:	Yüz yüze
Dersin Koordinatörü:	Dr. Öğr. Üyesi ELIZABETH HEMOND
Dersin Amacı:	Bu dersin amacı, biyoinformatikde kullanılan temel hesaplama yöntemleri ve biyoinformatikde önemli uygulamaları olup aynı zamanda biyoinformatik dışında da pek çok uygulaması olan küme algoritmalar hakkında bir anlayış kazandırmaktır.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1. Nükleik asit ve protein dizilerinin modellenmesinde faydalı olan temel hesaplama modellerini tanır.
2. Çeşitli moleküler biyoloji verisinin analizi için yararlı algoritmaları tasarlar ve uygular.
3. Genetik Algoritma ve bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır.
4. Açgözlü Algoritmalar ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır.
5. Gibbs örneklemesi ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tartışır.
6. Beklenti Maksimizasyonu ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanır.
7. Saklı Markov modelleri ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanır.
8. Bayesian ağlar ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanımlar.
9. Grafikler ve bunun bunun biyoinformatik uygulamalarını tanımlar.

Dersin İçeriği

Bu ders, biyoinformatik uygulamalarda yaygın olarak kullanılan hesaplamalı yöntemler ve algoritmalar konusunda geniş bir alt yapı sağlayacaktır. Çeşitli mevcut yöntemler eleştirel olarak tarif edilecek ve her birinin güçlü ve kısıtlı yönleri ele alınacaktır.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta	Konu	Ön Hazırlık
1)	Hesaplama karmaşıklığı ve algoritma tasarım tekniklerine kısa bir giriş
2)	Kesin dizi arama algoritmaları
3)	Rabin-Karp algoritması, örüntü eşleştirme, soneki ağaçları
4)	Dinamik programlama elemanları, Manhattan turist problemi, k-band algoritması
5)	Yaklaşık dizge eşlemesi, böl ve fethet algoritmaları
6)	Branch ve bound araması
7)	Genetik Algoritma
8)	Açgözlü Algoritmalar
9)	Gibbs örneklemesi
10)	Beklenti Maksimizasyonu
11)	Saklı Markov modelleri
12)	Bayesian ağlar
13)	Grafikler
14)	Tekrar

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar:	Haftalık ders notları iletilecektir. Weekly course notes will be provided.
Diğer Kaynaklar:	An Introduction to Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular Biology), Neil Jones and Pavel Pevzner, MIT Press, 2004.

Değerlendirme Sistemi

Yarıyıl İçi Çalışmaları	Aktivite Sayısı	Katkı Payı
Ödev	2	% 10
Projeler	1	% 15
Ara Sınavlar	1	% 25
Final	1	% 50
Toplam		% 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI		% 35
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI		% 65
Toplam		% 100

AKTS / İş Yükü Tablosu

Aktiviteler	Aktivite Sayısı	Süre (Saat)	İş Yükü
Ders Saati	14	3	42
Sınıf Dışı Ders Çalışması	14	6	84
Sunum / Seminer	5	4	20
Ara Sınavlar	1	2	2
Final	1	2	2
Toplam İş Yükü			150

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

Etkisi Yok	1 En Düşük	2 Düşük	3 Orta	4 Yüksek	5 En Yüksek

	Dersin Program Kazanımlarına Etkisi	Katkı Payı
1)	Modern Lojistik faaliyetleri bilmek ve bu konularda temel mevzuatı öğrenmek.
2)	Modern Lojistiğin günümüzde izlediği gelişmeleri ve politikaları bilmek ve bu gelişmleri takip edeceği kurum ve kuruluşları öğrenmek.
3)	Lojistik alanındaki işletmelerin temel özelliklerini ve ekonomik hayatı bilerek iç ve dış çevresini takip ve analiz edebilme becerisini göstermek.
4)	Lojistik ile ilgili alanlarda kullanılan belgeleri tanıma, düzenleyebilme ve muhasebeleştirme becerisi ile birlikte, sahip olduğu bilgi ve uygulamaları çalışma arkadaşlarına, üstlerine ve hizmet verdiği kişi ve kuruluşlara açık bir şekilde anlatabilmek.
5)	Yeni pazarlama ve satış teknikleri bilgileriyle uluslararası pazarlara açılma kurallarını bilme ve uygulama becerisine sahip olmak.
6)	Lojistik alanı ile ilgili konularda iş guvenliği, işçi sağlığı ve çevre koruma bilgisi ve bilincine sahip olmak.
7)	Mesleği ile ilgili mevzuatları takip etme ve uygulama yeteneği ile birlikte temel hukuk bilgileri, sosyal sorumluluk, etik değerler, sosyal güvenlik hakları bilgisi ve bilincine sahip olmak.
8)	Kişisel ve mesleki yetkinliğini güncel tutabilmek için ilgili iletişim ağlarının içinde yer almak, çalıştığı sektörle ilgili değişimleri takip etmek ve kendini sürekli geliştirebilmek.	2
9)	Lojistik ve tedarik zinciri alanında kullanılan klasik ve güncel kuramları, sektördeki gelişmeleri, değişimleri ve yönelimleri göz önünde bulundurarak yorumlayıp değerlendirebilmek.
10)	Dış ticaret ve Gümrük mevzuatlarına ilişkin temel bilgiye sahip olmak.
11)	Dış Ticaretin Lojistik yönetimiyle iliskilendirilmesi bilgisine sahip olmak.
12)	En az bir yabancı dilde temel bilgi almak ve bunu mesleğinde kullanabilmek.
13)	Alanının gerektirdiği düzeyde bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanır, teknolojik değişiklikleri takip ederek yeni teknolojileri işletme sistemlerine uyarlar.