ENDÜSTRİ 4.0 (İNGİLİZCE, TEZSİZ)
Yüksek Lisans TYYÇ: 7. Düzey QF-EHEA: 2. Düzey EQF-LLL: 7. Düzey

Ders Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Yarıyıl Teorik Pratik Kredi AKTS
GEN2006 İşlemsel Biyoloji Güz 3 2 4 8
Bu dersin açılması ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir

Temel Bilgiler

Öğretim Dili: En
Dersin Türü: Departmental Elective
Dersin Seviyesi: LİSANSÜSTÜ
Dersin Veriliş Şekli: Yüz yüze
Dersin Koordinatörü: Dr. Öğr. Üyesi ELIZABETH HEMOND
Dersi Veren(ler): Prof. Dr. SÜREYYA AKYÜZ
Dersin Amacı: Bu dersin amacı, hesaplamalı biyoloji için kullanılabilir veri kaynakları ve türleri, moleküler biyoloji ve genomikte temel hesaplama problemleri ve hesaplamalı biyolojide yaygın olarak kullanılan başlıca algoritmalar konularında anlayış sunmaktır.

Öğrenme Çıktıları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1. Verilen iki protein arasındaki benzerlik nasıl ölçüldüğünü tartışır.
2. Çeşitli DNA dizileri arasındaki farklılıklar nasıl ölçüldüğünü hesaplar.
3. Dizileri arasındaki farklılıkların önemi nasıl ölçüldüğünü tartışır.
4. Böyle bir benzerlik ilişkinin tesadüfen meydana gelmesi olasılığını nasıl belirlendiğini tanır.
5. Dizi benzerliğine dayalı bir aramanın nasıl gerçekleştirileceğini tanımlar.
6. Çoklu dizi hizalamalarının nasıl oluşturulacağını analiz eder.
7. Genetik bilgiler kullanarak soyağacı nasıl oluşturulacağını tanımlar.
8. Bireyler arasındaki genomik farklılıkların ve bunların hastalıklar üzerindeki etkilerini tartışır.
9. Yolak bulma tekniklerini kullanır.

Dersin İçeriği

Hesaplamalı biyoloji, moleküler biyoloji alanındaki sorunları ele almak üzere hesaplama yöntemlerinin uygulanmasını ve geliştirilmesini içerir. Öğrenciler derste öğretilen algoritmaların (basitleştirilmiş şekillerde) yazılımının geliştirilmesi üzerinde pratik yapmanın yanı sıra yerel olarak ya da internetde mevcut dizi analiz araçlarını kullanma deneyimi de elde edeceklerdir.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Konu Ön Hazırlık
1) Moleküler Biyolojide Temel kavramlar, Nükleik asit dünyası, proteinler
2) Moleküler Genetikde mekanizmalar; Genler ve Genetik kod, transkripsiyon, translasyon ve protein sentezi, junk DNA ve okuma frame leri, kromozomlar
3) Dizi hizalama Algoritmaları: Needleman–Wunsch algoritması, Semi-global dizileme.
4) Dizi hizalama Algoritmaları: Smith-Waterman algoritması
5) Çoklu dizi hizalaması; Yıldız hizalaması, Ağaç hizalaması.
6) Muhafazakar dizi alanlarının çoklu hizalanması. Çoklu dizi hizalaması için Gibbs örnekleme algoritması. DNA dizilerindeki fonksiyonel yerlerin (RBS yerleri, promoter lar, splice yerleri) tahmini için algoritmalar.
7) PAM, BLOSSUM skorlama matrisleri.
8) Veritabanında arama: BLAST, FASTA.
9) Phylogenetic Ağaçlar; Karakter Durum Matrisleri, Eklemeli Ağaçların Yeniden inşası.
10) İnsan genetik değişiklikler, Tek Nükleotid Polimorfizmleri ve tıp.
11) Tüm genom bağlantı analizi çalışmaları
12) Yolak Bulma teknikleri ve araçları
13) Biyolojik ağlar
14) Tekrar

Kaynaklar

Ders Notları: Relevant notes or hand-outs will be supplied.
Diğer Kaynaklar: 1)Jones N. C. and Pevzner P. A., An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004. 2)Pevzner P.A., Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach, MIT Press, 2000. 3)Zvelebil M., Baum J.O., Understanding Bioinformatics, Garland Science, 2008. 4)Setubal C., Meidanis J., Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing, 1997.

Değerlendirme Sistemi

Yarıyıl İçi Çalışmaları Aktivite Sayısı Katkı Payı
Devam % 0
Laboratuar 12 % 20
Uygulama % 0
Arazi Çalışması % 0
Derse Özgü Staj % 0
Küçük Sınavlar % 0
Ödev 2 % 15
Sunum % 0
Projeler % 0
Seminer % 0
Ara Sınavlar 1 % 25
Ara Juri % 0
Final 1 % 40
Rapor Teslimi % 0
Juri % 0
Bütünleme % 0
Toplam % 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI % 60
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI % 40
Toplam % 100

AKTS / İş Yükü Tablosu

Aktiviteler Aktivite Sayısı Süre (Saat) İş Yükü
Ders Saati 14 2 28
Laboratuvar 14 2 28
Uygulama 0 0 0
Derse Özgü Staj 0 0 0
Arazi Çalışması 0 0 0
Sınıf Dışı Ders Çalışması 14 8 112
Sunum / Seminer 0 0 0
Proje 0 0 0
Ödevler 0 0 0
Küçük Sınavlar 0 0 0
Ara Juri 0
Ara Sınavlar 1 2 2
Rapor Teslimi 0
Juri 0
Final 1 2 2
Toplam İş Yükü 172

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

Etkisi Yok 1 En Düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 En Yüksek
           
Dersin Program Kazanımlarına Etkisi Katkı Payı