| ENDÜSTRİ 4.0 (İNGİLİZCE, TEZSİZ) | |||||
| Yüksek Lisans | TYYÇ: 7. Düzey | QF-EHEA: 2. Düzey | EQF-LLL: 7. Düzey | ||
| Ders Kodu | Ders Adı | Yarıyıl | Teorik | Pratik | Kredi | AKTS |
| CMP4131 | Biyoinformatik | Güz | 3 | 0 | 3 | 6 |
| Bu dersin açılması ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir |
| Öğretim Dili: | En |
| Dersin Türü: | Departmental Elective |
| Dersin Seviyesi: | LİSANSÜSTÜ |
| Dersin Veriliş Şekli: | Yüz yüze |
| Dersin Koordinatörü: | Dr. Öğr. Üyesi TARKAN AYDIN |
| Dersin Amacı: | Bu ders moleküler biyoloji ve genomikdeki temel hesaplamalı problemleri, biyoinformatik için var olan veri kaynaklarını ve tiplerini ve biyoinformatikde yaygın kullanılan belli başlı algoritmaları öğretmeyi amaçlar. |
|
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler; I. Moleküler biyoloji ve genomikdeki temel hesaplamalı problemleri tanımlamak. II. Biyoinformatik için var olan veri kaynaklarını ve veri tiplerini anlamak. III. Biyoinformatikde yaygın kullanılan temel algoritmaları uygulamak. IV. Global, local ve semi-global hizalamaları anlamak ve kıyaslamak. V. PAM ve BLOSSUM skorlama matrislerini anlamak ve kıyaslamak. VI. Gen ifade verisini analiz edebilmek VII.Protein katlanma problemini algılamak. VIII.Protein-protein etkileşim ağlarını analiz edebilmek. IX. Biyoinformatikde önemli uygulamaları olan, fakat aynı zamanda biyoloji dışında da kilit uygulamaları olan bir grup algoritmayı işler hale getirebilmek. |
| Bu ders, genom dizilimi ve microarray teknolojileri gibi moleküler biyolojideki son gelişmelerin ürettiği büyük miktarda bilginin analiz edilebilmesi için gereken hesaplama tekniklerini kapsar. Dizileri ve yapıları işlemek ve analiz etmek için bilgisayarların kullanıldığı yöntemler de öğretilecek. Ders yapısı, öğrencilere biyoinformatikdeki temel kavramları vermek için düzenlenmiştir. |
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | |
| 1) | Tekrar | ||
| 1) | Giriş: Moleküler Biyoloji ve Bilgisayar Bilimleri a) DNA'nın organizasyonu, proteinler, hücre. b) In silico biyoloji | ||
| 2) | Biyomoleküler dizilerin ikili hizalaması ve benzerliklerin aranması: İki dizinin global hizalanması | ||
| 3) | Local hizalama, Semi-global hizalama. | ||
| 4) | Benzerlik matrislerini skorlama: BLOSSUM | ||
| 5) | PAM Benzerlik matrisleri | ||
| 6) | Çoklu dizi hizalama a) Tekrarlamalı metodlar b) Yapı temelli metodlar | ||
| 7) | Çoklu hizalamaları skorlama | ||
| 8) | Gen ifadesine biyoinformatik yaklaşımlar, farklı ifade miktarlarını belirleme | ||
| 9) | Gen ifade verisi için çoklu hipotez test etme ve sahte-keşif-oranı yöntemleri | ||
| 10) | Protein Katlanma Problemi: Simulated Annealing Algoritmaları | ||
| 11) | Protein Katlanma Problemi için Threading ve Homology Modeling yöntemleri | ||
| 12) | Protein-protein ve protein/DNA etkileşimleri, Gen/Protein ağları, yolaklar | ||
| 13) | Büyük ölçekli biyolojik ağların inşası ve analizi | ||
| 15) | Final | ||
| 16) | Final | ||
| Ders Notları: | Pevsner J., Bioinformatics and Functional Genomics, Wiley-Liss, 2009. |
| Diğer Kaynaklar: | Mount D.W., Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2nd edition), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004. Krane D.E., Raymer M.L., Fundamental Concepts of Bioinformatics, Benjamin Cummings, 2003. |
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
| Devam | % 0 | |
| Laboratuar | % 0 | |
| Uygulama | % 0 | |
| Arazi Çalışması | % 0 | |
| Derse Özgü Staj | % 0 | |
| Küçük Sınavlar | % 0 | |
| Ödev | 2 | % 10 |
| Sunum | % 0 | |
| Projeler | 1 | % 25 |
| Seminer | % 0 | |
| Ara Sınavlar | 1 | % 30 |
| Ara Juri | % 0 | |
| Final | 1 | % 35 |
| Rapor Teslimi | % 0 | |
| Juri | % 0 | |
| Bütünleme | % 0 | |
| Toplam | % 100 | |
| YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 40 | |
| YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 60 | |
| Toplam | % 100 | |
| Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Süre (Saat) | İş Yükü |
| Ders Saati | 14 | 3 | 42 |
| Laboratuvar | 0 | 0 | 0 |
| Uygulama | 0 | 0 | 0 |
| Derse Özgü Staj | 0 | 0 | 0 |
| Arazi Çalışması | 0 | 0 | 0 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 6 | 84 |
| Sunum / Seminer | 0 | 0 | 0 |
| Proje | 0 | 0 | 0 |
| Ödevler | 0 | 0 | 0 |
| Küçük Sınavlar | 0 | 0 | 0 |
| Ara Juri | 0 | ||
| Ara Sınavlar | 1 | 2 | 2 |
| Rapor Teslimi | 0 | ||
| Juri | 0 | ||
| Final | 1 | 2 | 2 |
| Toplam İş Yükü | 130 | ||
| Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Düşük | 3 Orta | 4 Yüksek | 5 En Yüksek |
| Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı |