YAZILIM MÜHENDİSLİĞİ
Lisans	TYYÇ: 6. Düzey	QF-EHEA: 1. Düzey	EQF-LLL: 6. Düzey

Ders Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu	Ders Adı	Yarıyıl	Teorik	Pratik	Kredi	AKTS
MBG3002	Biyoloji Bilimlerinde Teknikler	Bahar	3	0	3	7

Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir.

Temel Bilgiler

Öğretim Dili:	İngilizce
Dersin Türü:	Non-Departmental Elective
Dersin Seviyesi:	LİSANS
Dersin Veriliş Şekli:	Yüz yüze
Dersin Koordinatörü:	Dr. Öğr. Üyesi EMİNE KANDEMİŞ
Opsiyonel Program Bileşenleri:	Bulunmuyor.
Dersin Amacı:	Deneysel Yöntemler dersinin amaci moleküler biyoloji alanında uygulanan kilit deneysel yöntemleri anlayabilmek için gerekli teorik bilgilerin edinilmesidir.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1. DNA izolasyonu, miktar tayini, agaroz jel elektroforezini tartışır.
2. Polymeraz Zincir Reaksiyonu (PCR), kurallar, optimizasyon, temel uygulamalarını tanımlar.
3. Rekombinant DNA teknolojisi (gen overexpresyonu ve susturma vektorleri, klonlama, transfeksiyon, transformasyon) konularını tanımlar.
4. DNA Sekans analizi, Southern Blot yöntemlerini değerlendirir.
5. RNA izolasyonu, miktar tayini, cDNA sentezi, cDNA kütüphanesi oluşturma konularını tanımlar.
6. Q-PCR, RT-PCR. miRNA yöntemlerini tanımlar.
7. Microarray analizi ve Northern Blot yöntemlerini tanımlar.
8. Protein izolasyonu, miktar tayini, SDS-PAGE, Commassie boyama teknikleri ile tanışır.
9. Western Blot, Immuno-boyama, Protein görüntüleme tekniklerini tartışır.
10. Protein purifikasyon tekniklerini tanımlar.
11. Protein-protein etkileşimlerinin analizi (faj sunumu, yeast two hybrid) yöntemlerini değerlendirir.

Dersin İçeriği

Deneysel yöntemler dersi moleküler biyolojide kullanılmakta olan yöntemlerin temelinin anlaşılması üzerine kurulu olup DNA, RNA ve protein analizine yönelik araştırma yöntemlerini kapsamaktadır.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta	Konu	Ön Hazırlık
1)	Deneysel Yöntemler dersine giriş	Okuma
2)	DNA izolasyonu, miktar tayini, agaroz jel elektroforezi	Okuma
3)	Polymeraz Zincir Reaksiyonu (PCR), kurallar, optimizasyon, temel uygulamalar	Okuma
4)	Rekombinant DNA teknolojisi (gen overexpresyonu ve susturma vektorleri, klonlama, transfeksiyon, transformasyon)	Okuma
5)	DNA Sekans analizi, Southern Blot	Okuma
6)	RNA izolasyonu, miktar tayini, cDNA sentezi, cDNA kutuphanesi oluşturma	Okuma
7)	Q-PCR, RT-PCR. miRNA	Okuma
8)	Microarray analizi ve Northern Blot I	Okuma
9)	Microarray analizi ve Northern Blot II	Okuma
10)	Protein izolasyonu, miktar tayini, SDS-PAGE, Commassie boyama	Okuma
11)	Western Blot, Immuno-boyama, Protein görüntüleme	Okuma
12)	Protein purifikasyon teknikleri	Okuma
13)	Protein-protein etkileşimlerinin analizi (faj sunumu, yeast two hybrid)-I	Okuma
14)	Protein-protein etkileşimlerinin analizi (faj sunumu, yeast two hybrid)-II	Okuma

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar:

Ders notları haftalık olarak verilecektir.
Course notes will be supplied weekly.

Diğer Kaynaklar:

1. Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Online Library, ISBN: 9780471142720
2. Lab Math, Dany Spencer Adams, CSHL Press, 2003, ISBN 0879696346, 9780879696344
3. Lab Ref, Albert S. Mellick, Linda Rodgers Cold Spring Harbor Laboratory Press, ISBN-13: 978-0879698157
4. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Joseph Sambrook, David William Russell, CSHL Press, 2001, ISBN 0879695773, 9780879695774

Değerlendirme Sistemi

Yarıyıl İçi Çalışmaları	Aktivite Sayısı	Katkı Payı
Devam	1	% 5
Küçük Sınavlar	2	% 20
Ara Sınavlar	1	% 25
Final	1	% 50
Toplam		% 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI		% 50
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI		% 50
Toplam		% 100

AKTS / İş Yükü Tablosu

Aktiviteler	Aktivite Sayısı	Süre (Saat)	İş Yükü
Ders Saati	14	3	42
Sınıf Dışı Ders Çalışması	14	7	98
Ara Sınavlar	1	17	17
Final	1	18	18
Toplam İş Yükü			175

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

Etkisi Yok	1 En Düşük	2 Düşük	3 Orta	4 Yüksek	5 En Yüksek

	Dersin Program Kazanımlarına Etkisi	Katkı Payı
1)	Karmaşık mühendislik problemlerine yönelik yazılım proje, süreç ve ürünlerine ait fonksiyonel ve fonksiyonel olmayan özellikleri tanımlayabilmek.
2)	Karmaşık mühendislik problemlerinde yazılım mimarisi, bileşenleri, ara yüzleri ve sisteme ait diğer alt bileşenleri tasarlayabilmek.
3)	Kodlama, doğrulama, sınama ve hata ayıklama konularını da içerecek şekilde karmaşık yazılım sistemleri geliştirebilmek.
4)	Karmaşık mühendislik problemlerinde yazılımı, programın davranışlarını beklenen sonuçlara göre sınayarak doğrulayabilmek.
5)	Karmaşık yazılım sistemlerinin çalışması sırasında, çalışma ortamının değişmesi, yeni kullanıcı istekleri ve yazılım hatalarının ortaya çıkması ile meydana gelen bakım faaliyetlerine yönelik işlemleri yapabilmek.
6)	Karmaşık yazılım sistemlerinde yapılan değişiklikleri izleyebilmek ve kontrol edebilmek, entegrasyonunu sağlayabilmek, yeni sürümlerini sistematik olarak planlayabilmek ve riskleri yönetebilmek.
7)	Disiplin içi ve disiplinler arası takımlarda görev alarak karmaşık yazılım sistemleri yaşam süreçlerini tanımlayabilmek, değerlendirebilmek, ölçebilmek, yönetebilmek ve uygulayabilmek.
8)	Karmaşık mühendislik problemlerinde gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında yazılım gereksinimlerini toplama, yazılımı tasarlama, geliştirme, sınama, bakımını yapma konularındaki çeşitli araçları ve yöntemleri kullanabilmek.
9)	Temel kalite metrikler tanımlayabilmek, yazılım yaşam döngüsü süreçlerini uygulayabilmek, yazılım kalitesini ölçebilmek, kalite model karakteristiklerini tanımlayabilmek, standartları uygulayabilmek ve bunları karmaşık yazılım sistemlerini analiz etmekte, tasarlamakta, geliştirmekte, doğrulamakta ve sınamakta kullanabilmek.
10)	Yazılım mühendisliği ile ortak sınırlara sahip olan matematik, fen bilimleri, bilgisayar mühendisliği, endüstri mühendisliği, sistem mühendisliği, ekonomi, yönetim ve sürdürülebilir kalkınma gibi diğer disiplinler hakkında teknik bilgi kazanabilmek ve bunlar aracılığıyla yenilikçi fikirleri karmaşık mühendislik problemlerinde ve girişimcilik faaliyetlerinde kullanabilmek.
11)	Yazılım mühendisliği kültürü ve etik anlayışını kavrayabilmek ve bunları yazılım mühendisliğinde uygulayabilecek temel bilgilere sahip olmak, meslek hayatı boyunca gerekli teknik becerileri öğrenip başarıyla uygulayabilmek.
12)	Yabancı dil ve Türkçe kullanarak etkin rapor yazabilmek ve yazılı raporları anlayabilmek, tasarım ve üretim raporları hazırlayabilmek, etkin sunum yapabilmek, açık ve anlaşılır talimat verebilmek ve alabilmek.
13)	Mühendislik uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları ile mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçları hakkında bilgi sahibi olmak.