| LOJİSTİK YÖNETİMİ | |||||
| Lisans | TYYÇ: 6. Düzey | QF-EHEA: 1. Düzey | EQF-LLL: 6. Düzey | ||
| Ders Kodu | Ders Adı | Yarıyıl | Teorik | Pratik | Kredi | AKTS |
| MBG2004 | Biyolojik Bilimler için Hesaplama II | Güz | 2 | 2 | 3 | 7 |
| Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir. |
| Öğretim Dili: | İngilizce |
| Dersin Türü: | Non-Departmental Elective |
| Dersin Seviyesi: | LİSANS |
| Dersin Veriliş Şekli: | Yüz yüze |
| Dersin Koordinatörü: | Dr. Öğr. Üyesi CEMALETTİN BEKPEN |
| Dersi Veren(ler): |
Prof. Dr. SÜREYYA AKYÜZ |
| Dersin Amacı: | Bu ders, biyoloji için hesaplama araçlarına ileri düzeyde bilgi sağlamayı amaçlamaktadır. Bu ders, teori ile pratiği birleştiren hesaplamalı biyolojinin temellerini öğrenmek için yöntem ve araçları kapsar. Hem hesaplamalı biyolojideki temel konuları hem de güncel araştırma sınırlarını ele alıyoruz. Temel teknikleri, alandaki son gelişmeleri inceliyoruz ve doğrudan mevcut büyük ölçekli biyolojik veri kümeleriyle çalışıyoruz. |
|
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler; - Genomlar: Biyolojik dizi analizi, karşılaştırmalı genomik, RNA yapısı, dizi hizalama, - Yollar ve Ağ analizi: Gen ifadesi, kümeleme / sınıflandırma, motifler, Bayesian ağları, mikroRNA'lar, düzenleyici genomik, epigenomik - Moleküler Evrim: Gen / tür ağaçları, filogenomik, birleşme, kişisel genomik, popülasyon genomiği, insan soyu, son seçilim, hastalık haritalama - Karşılaştırmalı Genomik/Transkriptomik: Mevcut NGS haritalama metodolojilerini ve genomları hem teorik hem de pratik olarak karşılaştırın, - Genom Montajı: Dizileme teknolojilerindeki ilerlemelerle, büyük ökaryot genomları da dahil olmak üzere çoğu organizmanın genomik dizisini bir araya getirmek ve açıklamak çok daha uygun ve uygun fiyatlı hale gelmiştir. Bununla birlikte, yüksek kaliteli genom montajı ve ek açıklama hala büyük bir zorluk teşkil etmektedir. Bu derste, en iyi montajı gerçekleştirmek için mevcut yöntemleri ve teknolojileri tartışacağız. - Sistemlerde ve bütünleştirici biyolojide güncel gelişmeler (İnceleme) |
| İleri düzeyde dizi verisi inceleme ve hizalama, yapısal veri, genom dizileme, genom analizi, genetik varyasyon, gen ve protein ekspresyonu ve biyolojik ağlar ve yolaklar. Bu analiz sonucunda elde edilen verilerin işlevsel genomic metodları kullanarak değerlendirilmesi |
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
| 1) | Introduction | Okuma |
| 2) | İleri Karşılaştırmalı Genomik | Okuma |
| 3) | İnsan Genomik Varyasyonları (Popülasyon Genetiği yaklaşımı) | Okuma |
| 4) | Varyant Tespiti ve Yöntemleri Tek Nükleotid Varyasyonları (SNP'ler) Annotasyon | Okuma |
| 5) | SNP Genotipleme Yöntemleri and Micro Array analizleri | Okuma |
| 6) | İleri düzeyde Varyant Tespiti ve Yöntemleri Yapısal Varyasyonlar (YV'ler) Kopya Sayısı Varyasyonu (KSV'ler) | Okuma |
| 7) | Gen Ontolojisi ve Gen Annotasyonu | Okuma |
| 8) | Gelişmiş Transkriptomik (RNA-Seq) Gen seti zenginleştirme analizi | Okuma |
| 9) | Ara Sınav Tekrarı | Okuma |
| 10) | Genom/Transkriptomik Birleştirme ve Annotasyon | Okuma |
| 11) | İleri Moleküler Filogenetik/Filogenomiks | Okuma |
| 12) | Moleküler Evrim/PaleoGenomik | Okuma |
| 13) | MetaGenomiks | Okuma |
| 14) | “Sistemler ve bütünleştirici biyolojide güncel gelişmeler?” | Okuma |
| Ders Notları / Kitaplar: | Ders notları haftalık olarak verilecektir. Course material will be provided weekly. |
| Diğer Kaynaklar: | 1) Durbin, Richard, Sean R. Eddy, Anders Krogh, et al. Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press, 1998. 2) Jones, Neil C., and Pavel Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, 2004. ISBN: 9780262101066. |
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
| Projeler | 1 | % 40 |
| Ara Sınavlar | 1 | % 20 |
| Final | 1 | % 40 |
| Toplam | % 100 | |
| YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 20 | |
| YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 80 | |
| Toplam | % 100 | |
| Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Süre (Saat) | İş Yükü |
| Ders Saati | 14 | 4 | 56 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 7 | 98 |
| Proje | 5 | 4 | 20 |
| Ara Sınavlar | 1 | 2 | 2 |
| Final | 1 | 2 | 2 |
| Toplam İş Yükü | 178 | ||
| Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Düşük | 3 Orta | 4 Yüksek | 5 En Yüksek |
| Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
| 1) | Sorun tespit etmek ve doğru soruları sorabilmek | |
| 2) | Problem çözme becerisine sahip olmak ve bunun için gerekli analitik yaklaşımları geliştirebilmek | |
| 3) | İş süreçlerini ayıt edebilmek ve süreç tasarlama, planlama ve uygulama bilgisine sahip olmak. | |
| 4) | Lojistik yönetimi alanında gerekli bilgi ve iletişim teknolojileri araçlarını kullanmak. | |
| 5) | Lojistik kavramının bileşenlerini ayırt edebilme, ve uyum halinde bir bütün oluşturmasının önemini anlamak. | |
| 6) | İş hayatında üretkenliği artırmaya yönelik gereksinimlerin farkında olmnak | |
| 7) | Karmaşık durumlar karşısında yenilikçi ve yaratıcı düşünce yapısına sahip olmak | 4 |
| 8) | Hem yerel hem uluslararası boyutta düşünce ve davranış geliştirebilmek | |
| 9) | Küreselleşme ve Lojistik Yönetimi arasındaki çift yönlü etkileşimi anlamak ve verimli bir yönetim için kullanmak. | |
| 10) | En az bir yabancı dili akademik ve günlük iletişimde kullanabilmek | 2 |
| 11) | İş etiğinin önemini kavramak, iş etiğini akademik dünyanın ve iş hayatının temel ögesi olarak uygulamak |