| MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK | |||||
| Lisans | TYYÇ: 6. Düzey | QF-EHEA: 1. Düzey | EQF-LLL: 6. Düzey | ||
| Ders Kodu | Ders Adı | Yarıyıl | Teorik | Pratik | Kredi | AKTS |
| MBG2003 | Biyoloji Bilimleri İçin Hesaplama I | Güz | 2 | 2 | 3 | 7 |
| Öğretim Dili: | English |
| Dersin Türü: | Must Course |
| Dersin Seviyesi: | LİSANS |
| Dersin Veriliş Şekli: | Yüz yüze |
| Dersin Koordinatörü: | Dr. Öğr. Üyesi CEMALETTİN BEKPEN |
| Dersi Veren(ler): |
Dr. Öğr. Üyesi SERKAN AYVAZ Prof. Dr. SÜREYYA AKYÜZ |
| Dersin Amacı: | Bu ders, teori ile pratiği birleştiren hesaplamalı biyolojinin temellerini öğrenmek için yöntem ve araçları kapsar. Hem hesaplamalı biyolojideki temel konuları hem de güncel araştırma sınırlarını ele alıyoruz. Temel teknikleri, alandaki son gelişmeleri inceliyoruz ve doğrudan mevcut büyük ölçekli biyolojik veri kümeleriyle çalışıyoruz. |
|
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler; Dersin sonunda öğrenciler şunları yapabileceklerdir: Genomlar: Biyolojik dizi analizi, karşılaştırmalı genomik, RNA yapısı, dizi hizalama, Yeni Nesil Diziler, Tüm Genom Haritalama, Transkriptomik Ağlar: Gen ifadesi, kümeleme/sınıflandırma, motifler, Bayesian ağları, mikroRNA'lar, düzenleyici genomik, epigenomik Evrim: Gen / tür ağaçları, filogenomik, birleşme, kişisel genomik, popülasyon genomiği, insan soyu, son seçilim, hastalık haritalama |
| Genel olarak biyolojik verilerin özeldeyse genom dizilerinin değerlendirilmesi ve ilgili bilişim araçlarının etkin şekilde kullanılması. |
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
| 1) | Introduction | Okuma |
| 2) | Genomik veri madenciliği (Biyolojik Veritabanları) | Okuma |
| 3) | Sekanslama (Yöntemler ve Sekanslama teknolojileri) | Okuma |
| 4) | Tüm Genom Haritalama ve Kişisel Genomik | Okuma |
| 5) | Varyant Tespiti ve Yöntemlerinin Aşağı Akış Analizi Tek Nükleotid Varyasyonları (TNP'ler) Yapısal Varyasyonlar (YV'ler) Kopya Sayısı Varyasyonu (KSV'ler) (Bölüm I) | Okuma |
| 6) | Genomik Varyasyon Genomik Varyasyonu Nasıl ve Neden Tespit Ediyoruz (Genom Çapında Analiz (GÇA)) | |
| 7) | Varyant Tespiti ve Yöntemlerinin Aşağı Akış Analizi Tek Nükleotid Varyasyonları (TNP'ler) Yapısal Varyasyonlar (YV'ler) Kopya Sayısı Varyasyonu (KSV'ler) (Bölüm II) | Okuma |
| 8) | RNA_Seq Analizi ve Transkriptomik (Bölüm I) | Okuma |
| 9) | Ara sınav için tekrar | Okuma |
| 10) | RNA_Seq Analizi ve Transkriptomik (Bölüm II) | Okuma |
| 11) | Genom Birleştirme ve Annotasyon | Okuma |
| 12) | Karşılaştırmalı Hesaplamalı Biyoloji Yöntemleri | Okuma |
| 13) | Karşılaştırmalı Genomik | Okuma |
| 14) | Final tekrarı | Okuma ve Tartışma |
| Ders Notları / Kitaplar: | Ders notları verilecektir. Course notes will be supplied. |
| Diğer Kaynaklar: | Computational Biology Series Editors: Dress, A., Linial, M., Troyanskaya, O., Vingron, M. ISSN: 1568-2684, 2009 |
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
| Projeler | 1 | % 40 |
| Ara Sınavlar | 1 | % 20 |
| Final | 1 | % 40 |
| Toplam | % 100 | |
| YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 20 | |
| YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 80 | |
| Toplam | % 100 | |
| Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Süre (Saat) | İş Yükü |
| Ders Saati | 14 | 4 | 56 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 7 | 98 |
| Proje | 5 | 4 | 20 |
| Ara Sınavlar | 1 | 2 | 2 |
| Final | 1 | 2 | 2 |
| Toplam İş Yükü | 178 | ||
| Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Düşük | 3 Orta | 4 Yüksek | 5 En Yüksek |
| Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
| 1) | Biyoloji konuları ile ilgili problemleri saptama, sentez yaparak problemlerin çözümüne yönelik hipotez kurma ve çeşitli gözlemsel ve deneysel yöntemler kullanarak hipotezi çözme becerisi kazanır. | 4 |
| 2) | Temel biyolojik soruları yanıtlamak ve hastalıkların teşhis ve tedavisi gibi sorunları çözmek için bilgisayar veri tabanlarında depolanan zengin bilgileri kullanmak. | 5 |
| 3) | Eleştirel, yaratıcı ve analitik düşünme yeteneği geliştirir. | 5 |
| 4) | Etkili iletişim kurma ve hem İngilizce hem Türkçe sözlü,yazılı ve okuma becerisi kazanır. Mesleki alanda ingilizceye hakim olur. | 4 |
| 5) | Genetik laboratuvarında kullanılan değişik teknikleri öğrenir ve bilgi ve beceri kazanır. | 3 |
| 6) | Biyolojik bilgi ve verileri analiz etme ve derleme yetisi gösterme, bunları ve sonuçlarını, arkasında yatan delilleri, bilgi ve görüşleri yazılı ve sözlü olarak net bir şekilde sunabilme. | 5 |
| 7) | Nicel ve nitel veri toplama yöntemleri kullanmada bilgi ve beceri kazanır. | 3 |
| 8) | Araştırmaları etik, mesleki sorumluk bilincine sahip, insani değerlere ve insan haklarına saygılı bir şekilde yürütür. İnsan deneylerinde gizlilik ilkesine önem verir. | 5 |
| 9) | Moleküler biyoloji ve genetik alanında kullanılan teorileri ve uygulamaları öğrenmek ve her ikisi arasında bağlantı kurma. | 4 |
| 10) | Kendini geliştirme konusunda literatürü araştırıp kullanır ve bilim-teknoloji alanındaki en yeni gelişmeleri takip eder. | 5 |
| 11) | Ulusal ve uluslararası sorunlarından haberdar olup, bu sorunlara bilimsel yaklaşımla çözüm araştırır. | 4 |