| LOJİSTİK YÖNETİMİ | |||||
| Lisans | TYYÇ: 6. Düzey | QF-EHEA: 1. Düzey | EQF-LLL: 6. Düzey | ||
| Ders Kodu | Ders Adı | Yarıyıl | Teorik | Pratik | Kredi | AKTS |
| MBG2003 | Biyoloji Bilimleri İçin Hesaplama I | Güz | 2 | 2 | 3 | 7 |
| Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir. |
| Öğretim Dili: | İngilizce |
| Dersin Türü: | Non-Departmental Elective |
| Dersin Seviyesi: | LİSANS |
| Dersin Veriliş Şekli: | Yüz yüze |
| Dersin Koordinatörü: | Dr. Öğr. Üyesi CEMALETTİN BEKPEN |
| Dersi Veren(ler): |
Dr. Öğr. Üyesi SERKAN AYVAZ Prof. Dr. SÜREYYA AKYÜZ |
| Dersin Amacı: | Bu ders, teori ile pratiği birleştiren hesaplamalı biyolojinin temellerini öğrenmek için yöntem ve araçları kapsar. Hem hesaplamalı biyolojideki temel konuları hem de güncel araştırma sınırlarını ele alıyoruz. Temel teknikleri, alandaki son gelişmeleri inceliyoruz ve doğrudan mevcut büyük ölçekli biyolojik veri kümeleriyle çalışıyoruz. |
|
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler; Dersin sonunda öğrenciler şunları yapabileceklerdir: Genomlar: Biyolojik dizi analizi, karşılaştırmalı genomik, RNA yapısı, dizi hizalama, Yeni Nesil Diziler, Tüm Genom Haritalama, Transkriptomik Ağlar: Gen ifadesi, kümeleme/sınıflandırma, motifler, Bayesian ağları, mikroRNA'lar, düzenleyici genomik, epigenomik Evrim: Gen / tür ağaçları, filogenomik, birleşme, kişisel genomik, popülasyon genomiği, insan soyu, son seçilim, hastalık haritalama |
| Genel olarak biyolojik verilerin özeldeyse genom dizilerinin değerlendirilmesi ve ilgili bilişim araçlarının etkin şekilde kullanılması. |
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
| 1) | Introduction | Okuma |
| 2) | Genomik veri madenciliği (Biyolojik Veritabanları) | Okuma |
| 3) | Sekanslama (Yöntemler ve Sekanslama teknolojileri) | Okuma |
| 4) | Tüm Genom Haritalama ve Kişisel Genomik | Okuma |
| 5) | Varyant Tespiti ve Yöntemlerinin Aşağı Akış Analizi Tek Nükleotid Varyasyonları (TNP'ler) Yapısal Varyasyonlar (YV'ler) Kopya Sayısı Varyasyonu (KSV'ler) (Bölüm I) | Okuma |
| 6) | Genomik Varyasyon Genomik Varyasyonu Nasıl ve Neden Tespit Ediyoruz (Genom Çapında Analiz (GÇA)) | |
| 7) | Varyant Tespiti ve Yöntemlerinin Aşağı Akış Analizi Tek Nükleotid Varyasyonları (TNP'ler) Yapısal Varyasyonlar (YV'ler) Kopya Sayısı Varyasyonu (KSV'ler) (Bölüm II) | Okuma |
| 8) | RNA_Seq Analizi ve Transkriptomik (Bölüm I) | Okuma |
| 9) | Ara sınav için tekrar | Okuma |
| 10) | RNA_Seq Analizi ve Transkriptomik (Bölüm II) | Okuma |
| 11) | Genom Birleştirme ve Annotasyon | Okuma |
| 12) | Karşılaştırmalı Hesaplamalı Biyoloji Yöntemleri | Okuma |
| 13) | Karşılaştırmalı Genomik | Okuma |
| 14) | Final tekrarı | Okuma ve Tartışma |
| Ders Notları / Kitaplar: | Ders notları verilecektir. Course notes will be supplied. |
| Diğer Kaynaklar: | Computational Biology Series Editors: Dress, A., Linial, M., Troyanskaya, O., Vingron, M. ISSN: 1568-2684, 2009 |
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
| Projeler | 1 | % 40 |
| Ara Sınavlar | 1 | % 20 |
| Final | 1 | % 40 |
| Toplam | % 100 | |
| YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 20 | |
| YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 80 | |
| Toplam | % 100 | |
| Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Süre (Saat) | İş Yükü |
| Ders Saati | 14 | 4 | 56 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 7 | 98 |
| Proje | 5 | 4 | 20 |
| Ara Sınavlar | 1 | 2 | 2 |
| Final | 1 | 2 | 2 |
| Toplam İş Yükü | 178 | ||
| Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Düşük | 3 Orta | 4 Yüksek | 5 En Yüksek |
| Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
| 1) | Sorun tespit etmek ve doğru soruları sorabilmek | |
| 2) | Problem çözme becerisine sahip olmak ve bunun için gerekli analitik yaklaşımları geliştirebilmek | |
| 3) | İş süreçlerini ayıt edebilmek ve süreç tasarlama, planlama ve uygulama bilgisine sahip olmak. | |
| 4) | Lojistik yönetimi alanında gerekli bilgi ve iletişim teknolojileri araçlarını kullanmak. | |
| 5) | Lojistik kavramının bileşenlerini ayırt edebilme, ve uyum halinde bir bütün oluşturmasının önemini anlamak. | |
| 6) | İş hayatında üretkenliği artırmaya yönelik gereksinimlerin farkında olmnak | |
| 7) | Karmaşık durumlar karşısında yenilikçi ve yaratıcı düşünce yapısına sahip olmak | 4 |
| 8) | Hem yerel hem uluslararası boyutta düşünce ve davranış geliştirebilmek | |
| 9) | Küreselleşme ve Lojistik Yönetimi arasındaki çift yönlü etkileşimi anlamak ve verimli bir yönetim için kullanmak. | |
| 10) | En az bir yabancı dili akademik ve günlük iletişimde kullanabilmek | 2 |
| 11) | İş etiğinin önemini kavramak, iş etiğini akademik dünyanın ve iş hayatının temel ögesi olarak uygulamak |