| AMERİKAN KÜLTÜRÜ VE EDEBİYATI | |||||
| Lisans | TYYÇ: 6. Düzey | QF-EHEA: 1. Düzey | EQF-LLL: 6. Düzey | ||
| Ders Kodu | Ders Adı | Yarıyıl | Teorik | Pratik | Kredi | AKTS |
| MBG1002 | Biyoinformatiğe Giriş | Güz | 3 | 0 | 3 | 5 |
| Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir. |
| Öğretim Dili: | İngilizce |
| Dersin Türü: | Non-Departmental Elective |
| Dersin Seviyesi: | LİSANS |
| Dersin Veriliş Şekli: | Yüz yüze |
| Dersin Koordinatörü: | Dr. Öğr. Üyesi ELIZABETH HEMOND |
| Dersi Veren(ler): |
Prof. Dr. SÜREYYA AKYÜZ Dr. Öğr. Üyesi SERKAN AYVAZ |
| Opsiyonel Program Bileşenleri: | Bulunmuyor. |
| Dersin Amacı: | Bu ders, öğrencileri insan genomu ve ilgili verilerin bilgi kaynaklarını sonuna kadar kullanma ile yüksek performanslı hesaplamadaki gelişmelerin biraraya geldiği disiplinlerarası bir alanda, biyoinformatik alanında çalışmaya hazırlar. |
|
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler; 1. Biyolog, biyokimyacı, tıbbi araştırmacılar, genetikçiler ve bilgisayar mühendislerinden oluşan disiplinler arası takımlar halinde çalışmayı tanır. 2. Büyük veritabanları üzerinde karmaşık arama yapma ve sonuçları yorumlamayı gerçekleştirir. 3. Genomik karşılaştırmalar yapma, genleri ve büyük genomik bölgeleri genom tarayıcılarda göstermeyi gerçekleştirir. 4. Parça bütünleme, gen bulma, protein katlanması ve mikroarray çalışmaları dahil olmak üzere temel biyoinformatik sorunları ve çözümlerini tanır. 5. İstatistiksel önem kavramları kullanarak sonuçları olasılık terimleriyle analiz eder. 6. Dizileme teknikleri, doğasında olan hesaplama problemleri, olası çözümleri tanır. 7. Markov Model kurma ve bunun gen tahmini için kullanımını tanımlar. 8. Mikroarray verilerinin analizi için hesaplama yöntemlerinin tanır ve bu verileri kullanarak gen ekspresyonu yorumlanmasını tartışır. 9.İnsan Genom Projesi ve sonuçları ile ilgili etik, yasal ve sosyal konularda tartışır. |
| Biyoinformatik, moleküler biyoloji, istatistik ve bilgisayar bilimlerini entegre eden ve hızla büyüyen bir alandır. Bu ders, DNA ve protein dizi analizinin matematiksel modelleri ve bilgisayar algoritmalarına adanmıştır. Bu derste, öğrenciler biyoinformatik analizleri yapmak için birçok popüler araçları öğrenecek ve bu algoritmaların esinlendiği düşünceler tanıtılacaktır. Var olan çeşitli biyoinformatik yöntemler eleştirel olarak tarif edilecek ve her birinin güçlü ve limitli yönleri tartışılacaktır. |
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık |
| 1) | Giriş: Olasılık ve istatistik temelleri. | |
| 2) | Nükleik asit ve protein dizilerinin analizi. | |
| 3) | Web üzerindeki moleküler biyoloji veritabanları. | |
| 4) | İnternetde var olan Biyoinformatik yazılımları | |
| 5) | Genom nasıl çalışılır, Harita ve Diziler, İnsan Genom Projesi | |
| 6) | Dizileme: Next Gen, Exome, Shotgun Dizileme | |
| 7) | Parça Biraraya Getirme Problemi; Dizi Hizalama Modelleri: Kısa Ortak Superstring, Reconstruction, Multicontig, Grafik Modeli | |
| 8) | Kısıtlama haritalama: a) Çift Digest Problemi, b) Kısmi Digest Sorunu | |
| 9) | Hesaplamalı Gen Avcılığı, Gen bulma yöntemleri, dizi paternleri, Hidden Markov Modeller. | |
| 10) | Gen ifadesine biyoinformatik yaklaşımlar | |
| 11) | Protein katlanma problemi | |
| 12) | Genom Yeniden-düzenlemeleri | |
| 13) | Suffix ağaçları I | |
| 14) | Suffix ağaçları II |
| Ders Notları / Kitaplar: | Biyoinformatik ders notları haftalık olarak verilecektir. Course material will be supplied weekly. |
| Diğer Kaynaklar: | 1) Pevsner J., Bioinformatics and Functional Genomics, Wiley-Liss, 2009 2) Mount D.W., Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2nd edition), Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004 3) Krane D.E., Raymer M.L., Fundamental Concepts of Bioinformatics, Benjamin Cummings, 2003 4) Setubal C., Meidanis J., Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing, 1997" |
| Yarıyıl İçi Çalışmaları | Aktivite Sayısı | Katkı Payı |
| Ödev | 2 | % 15 |
| Projeler | 1 | % 20 |
| Ara Sınavlar | 1 | % 25 |
| Final | 1 | % 40 |
| Toplam | % 100 | |
| YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI | % 40 | |
| YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI | % 60 | |
| Toplam | % 100 | |
| Aktiviteler | Aktivite Sayısı | Süre (Saat) | İş Yükü |
| Ders Saati | 14 | 3 | 42 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışması | 14 | 5 | 70 |
| Proje | 1 | 10 | 10 |
| Ara Sınavlar | 1 | 2 | 2 |
| Final | 1 | 2 | 2 |
| Toplam İş Yükü | 126 | ||
| Etkisi Yok | 1 En Düşük | 2 Düşük | 3 Orta | 4 Yüksek | 5 En Yüksek |
| Dersin Program Kazanımlarına Etkisi | Katkı Payı | |
| 1) | Mezun olduktan sonra, öğrenciler araştırma yapmak, araştırma tekniklerini ve araç-gereçlerini kullanmak, sorun çözmek ve etkin bir şekilde iletişebilmek ve iş yerine bu becerilerini aktarmak özelliklerini edinmiş; | |
| 2) | ...belirli anahtar meselelerde akıcı bir İngilizce ile tartışma becerisini geliştirmiş; | |
| 3) | ...ileri düzeyde bir üslup bilgisi ile yazılı belgeler oluşturma becerisini geliştirmiş; | 4 |
| 4) | ...Amerikan ve İngiliz edebiyatı kanonundaki temel yapıtlar hakkında geniş bilgi edinmiş; | 4 |
| 5) | ...Amerikan ve İngiliz edebiyatlarının zor ve seçme metinlerinin ileri düzeyde analizlerini, sentezlerini yapıp eleştirme becerisini geliştirmiş; | 4 |
| 6) | ...çağdaş Amerikan kültürü hakkında derinlikli bir anlayış geliştirmiş; | 3 |
| 7) | ...farklı edebi metinler ve belgeler arasındaki ilişkileri ve önemli bağlantıları kurma ve disiplinler arası bir tavır geliştirme becerisini edinmiş; | 3 |
| 8) | ...bireysel olarak ya da takım halinde projeler geliştirmeyi öğrenmiş; | 3 |
| 9) | ...bilgi ve birikimlerini hayata uygulamayı ve disiplinler arası konularda çözüm üretmek ve araştırmaları sonuca ulaştırma konularında da beceriler edinmiş olacaklardır. | 4 |