MBG4057 Special Topics in BioinformaticsBahçeşehir ÜniversitesiAkademik Programlar YAZILIM MÜHENDİSLİĞİÖğrenciler için Genel BilgiDiploma EkiErasmus BeyanıUlusal YeterliliklerBologna Komisyonu
YAZILIM MÜHENDİSLİĞİ
Lisans TYYÇ: 6. Düzey QF-EHEA: 1. Düzey EQF-LLL: 6. Düzey

Ders Tanıtım Bilgileri

Ders Kodu Ders Adı Yarıyıl Teorik Pratik Kredi AKTS
MBG4057 Biyoinformatikte Özel Konular Güz 3 0 3 6
Bu katalog bilgi amaçlıdır, dersin açılma durumu, ilgili bölüm tarafından yarıyıl başında belirlenir.

Temel Bilgiler

Öğretim Dili: İngilizce
Dersin Türü: Non-Departmental Elective
Dersin Seviyesi: LİSANS
Dersin Veriliş Şekli: Yüz yüze
Dersin Koordinatörü: Dr. Öğr. Üyesi ELIZABETH HEMOND
Dersin Amacı: Bu ders, güncel biyoinformatik literatüründen teknik makaleler tartışmayı, onların algoritmalarını incelemeyi ve belirli bir biyoinformatik sorun üzerinde yoğun bir çalışma yürütmeyi hedefler.

Öğrenme Kazanımları

Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
1. Biyoinformatikdeki açık araştırma soruları üzerinde bir kavrayış tanımlar.
2. Biyoinformatik problemleri çözmek için mevcut çözümleri tartışır.
3. Hesaplamalı biyolojideki açık araştırma konuları üzerinde tartışmaya katılma becerisi kazanır.
4. Genomik için varolan biyoinformatik çözümler üzerine anlayışa sahip olur.
5. Proteomik için varolan biyoinformatik çözümler üzerine anlayışa sahip olur.
6. Birkaç biyoinformatik makaleye odaklanma ve onların bulgularını sunma becerisi degiştirir.
7. Biyoinformatikde ortaya çıkan yeni konular ile ilgili aşinalık kazanır.
8. Hesaplamalı biyolojide ortaya çıkan yeni konular ile ilgili aşinalık kazanır.
9. Biyoinformatik alanında yayınlanan bilimsel makaleleri bulma, okuma ve tartışma için becerisi geliştirir.

Dersin İçeriği

Bu tartışma-tabanlı biyoinformatik dersi, biyoinformatik analizleri ve algoritmaları hakkındaki en son gelişmeleri öğrencilere gösterecektir.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Konu Ön Hazırlık
1) Genomik (genom dizileme, genom bilgilerinin depolanması ve çalışılması, genom veritabanları)
2) Genomik (insan genomundaki polimorfizm ve hastalıklarla bağlantısı)
3) Karşılaştırmalı genomik (genom çıkarma metodu, bütün-genom hizalama yöntemleri, genom-bağlam yöntemleri, gen-füzyon yöntemi)
4) Yapısal genomik (yapısal genomikin bilimsel programı, yapısal genomikde hedef seçimi)
5) Fonksiyonel genomik (deneysel ve hesaplamalı yöntemlerin entegrasyonu)
6) Fonksiyonel genomik (gen ifade verileri ve DNA mikro-diziler)
7) Fonksiyonel genomik (düzenleyici ağlar, protein-protein etkileşim ağları)
8) Proteomik, Protein katlanma ve katlama tanıma
9) Epigenomik
10) Kanser enformatiği
11) Kodlamayan RNA tespiti ve arama
12) Biyoinformatik ortaya çıkan yeni konular
13) Hesaplamalı biyoloji ortaya çıkan yeni konular
14) Sunumlar

Kaynaklar

Ders Notları / Kitaplar: Haftalık ders notları iletilecektir.
Course notes will be supplied.
Diğer Kaynaklar: Articles from the primary literature (scientific journals, e.g. Nature Reviews Genetics, Nature, Science, Genome Research, Nature Genetics, Nature Methods, Bioinformatics, Molecular Systems Biology etc.)

Değerlendirme Sistemi

Yarıyıl İçi Çalışmaları Aktivite Sayısı Katkı Payı
Ödev 2 % 15
Projeler 1 % 25
Ara Sınavlar 1 % 10
Final 1 % 50
Toplam % 100
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTU KATKISI % 25
YARIYIL SONU ÇALIŞMALARININ BAŞARI NOTUNA KATKISI % 75
Toplam % 100

AKTS / İş Yükü Tablosu

Aktiviteler Aktivite Sayısı Süre (Saat) İş Yükü
Ders Saati 14 3 42
Sınıf Dışı Ders Çalışması 14 8 112
Ara Sınavlar 1 2 2
Final 1 2 2
Toplam İş Yükü 158

Program ve Öğrenme Kazanımları İlişkisi

Etkisi Yok 1 En Düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 En Yüksek
           
Dersin Program Kazanımlarına Etkisi Katkı Payı
1) Karmaşık mühendislik problemlerine yönelik yazılım proje, süreç ve ürünlerine ait fonksiyonel ve fonksiyonel olmayan özellikleri tanımlayabilmek.
2) Karmaşık mühendislik problemlerinde yazılım mimarisi, bileşenleri, ara yüzleri ve sisteme ait diğer alt bileşenleri tasarlayabilmek.
3) Kodlama, doğrulama, sınama ve hata ayıklama konularını da içerecek şekilde karmaşık yazılım sistemleri geliştirebilmek.
4) Karmaşık mühendislik problemlerinde yazılımı, programın davranışlarını beklenen sonuçlara göre sınayarak doğrulayabilmek.
5) Karmaşık yazılım sistemlerinin çalışması sırasında, çalışma ortamının değişmesi, yeni kullanıcı istekleri ve yazılım hatalarının ortaya çıkması ile meydana gelen bakım faaliyetlerine yönelik işlemleri yapabilmek.
6) Karmaşık yazılım sistemlerinde yapılan değişiklikleri izleyebilmek ve kontrol edebilmek, entegrasyonunu sağlayabilmek, yeni sürümlerini sistematik olarak planlayabilmek ve riskleri yönetebilmek.
7) Disiplin içi ve disiplinler arası takımlarda görev alarak karmaşık yazılım sistemleri yaşam süreçlerini tanımlayabilmek, değerlendirebilmek, ölçebilmek, yönetebilmek ve uygulayabilmek.
8) Karmaşık mühendislik problemlerinde gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında yazılım gereksinimlerini toplama, yazılımı tasarlama, geliştirme, sınama, bakımını yapma konularındaki çeşitli araçları ve yöntemleri kullanabilmek.
9) Temel kalite metrikler tanımlayabilmek, yazılım yaşam döngüsü süreçlerini uygulayabilmek, yazılım kalitesini ölçebilmek, kalite model karakteristiklerini tanımlayabilmek, standartları uygulayabilmek ve bunları karmaşık yazılım sistemlerini analiz etmekte, tasarlamakta, geliştirmekte, doğrulamakta ve sınamakta kullanabilmek.
10) Yazılım mühendisliği ile ortak sınırlara sahip olan matematik, fen bilimleri, bilgisayar mühendisliği, endüstri mühendisliği, sistem mühendisliği, ekonomi, yönetim ve sürdürülebilir kalkınma gibi diğer disiplinler hakkında teknik bilgi kazanabilmek ve bunlar aracılığıyla yenilikçi fikirleri karmaşık mühendislik problemlerinde ve girişimcilik faaliyetlerinde kullanabilmek.
11) Yazılım mühendisliği kültürü ve etik anlayışını kavrayabilmek ve bunları yazılım mühendisliğinde uygulayabilecek temel bilgilere sahip olmak, meslek hayatı boyunca gerekli teknik becerileri öğrenip başarıyla uygulayabilmek.
12) Yabancı dil ve Türkçe kullanarak etkin rapor yazabilmek ve yazılı raporları anlayabilmek, tasarım ve üretim raporları hazırlayabilmek, etkin sunum yapabilmek, açık ve anlaşılır talimat verebilmek ve alabilmek.
13) Mühendislik uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları ile mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçları hakkında bilgi sahibi olmak.